求助结合自由能计算教程

wbqdssl

目前，在很多场景下都需要计算结合自由能。但MM/GBSA或MM/PBSA方法已被证明有很大误差，在硬件水平有很大进步的当下，很多期刊对于结合自由能的要求变得更高。
对于FEP或TI方法（或付浩浩博士等人开发的新方法），虽然目前有一些教程，但对于新手来说要实操这部分还有很大难度（在实际操作中会遇到各种各样的问题），且这些教程更多的只针对某个特定场景和体系，要根据教程计算其他体系也有难度。
因此发帖有以下几个目的：
1）大家是否有看到的，论坛内论坛外或软件手册中的不错的教程可以分享？
2）是否有论坛内的大佬可以考虑针对FEP或TI方法写一些教程？
3）北京科音GROMACS班是否可以考虑在下一届详细补充这方面的内容（以高级班的形式）？
欢迎各位分享，谢谢！

sobereva

自由能计算是北京科音分子动力学高级班的内容，之前就明确预告过

wbqdssl

sobereva 发表于 2025-10-5 12:55
自由能计算是北京科音分子动力学高级班的内容，之前就明确预告过

请问分子动力学高级班大概什么时候可以出啊？

sobereva

wbqdssl 发表于 2025-10-5 13:04
请问分子动力学高级班大概什么时候可以出啊？

北京科音办的培训班FAQ
http://www.keinsci.com/FAQ.html

student0618

From my search/collection these years, rating on the quality and completeness of online open access free energy tutorials for GMX: other enhanced sampling methods >>> FEP/ABFE/TI.

For GROMACS, 80% of free FEP tutorials are just slightly modified version Justin's tutorial, remaining tutors usually rely on a 3rd party python library instead of directly using the MD engine behind.

Amber and NAMD have their own FEP tutorials that's slightly better and more comprehensive.

Maybe I will translate the list I am working on (keyword-url-comment list for easy ctrl-F search) to Chinese and post later.

wbqdssl

student0618 发表于 2025-10-5 18:06
From my search/collection these years, rating on the quality and completeness of online open access  ...

Thank you for sharing these insightful observations. They are very helpful！

beyond

Amber的FEP教程也不错，花点时间理解了，跑起来也快。。。
Gromacs的FEP，很多情况下估计需要结合PMX来跑，也有相关的文章与教程，
也可以摸索一下。。。

另外也有openFE，一个python包，MD是openMM跑的，也可以用来跑alchemical free energy

另外，绝对结合自由能，也可以跑funnel metadynamics，gromacs+plumed 。。。

wbqdssl

beyond 发表于 2025-10-6 17:26
Amber的FEP教程也不错，花点时间理解了，跑起来也快。。。
Gromacs的FEP，很多情况下估计需要结合PMX来跑 ...

谢谢您的回复！