利用cp2k结合multiwfn绘制密度差图原子位置与密度差数据发生位移不重叠

zgs

各位老师好，感谢您们的观看与解答：
针对这个问题，我首先去查阅了cube文件里的原子坐标是否一致，是一致的，并且我重新确认了给CP2K用的输入文件里的坐标是一致的，而且做不令坐标产生改变的任务，同时加了fixed_atoms固定住所有原子的语句，但是我发现我这样做并没有效果，还是发生了位移

Stardust0831

你给的cube没法直接用所以我拿你inp重新跑了一下。
按你inp里的设定，用cp2k2025.1会遇到scf不收敛，猜测你那边也没收敛。

当前体系我没看出来有XY周期性，如果是孤立体系应该直接用量子化学程序或者开cp2k的none周期性。

至于绘图问题，先载入结构再载入cube文件就一切正常。下面给了.vesta文件，和cube文件放在同一个文件夹后载入.vesta文件，你就可以有同样的显示效果。
2-ele_density-graphene_spherical_r40-all-2.vesta (21.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

2025-10-8 21:10 上传 Uploaded

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zgs

谢谢老师，我确实想先看看这个曲面结构的结果然后没有管收敛的问题，然后下一步再去优化，再次感谢老师的回答，但是有些问题就是：

为什么我先导入结构再导入.cube文件,依然有部分为重叠，但是我看您的是完全重合起来的：

sobereva

做单点计算，输入文件里坐标是什么，cube文件里的坐标就是什么，不可能发生改变。单点任务根本不需要写fixed_atoms
挨个把绘制密度差用的各个部分的电子密度cube文件在VMD里显示出等值面，确保无误再说用Multiwfn求差的事

Stardust0831

zgs 发表于 2025-10-9 00:01
谢谢老师，我确实想先看看这个曲面结构的结果然后没有管收敛的问题，然后下一步再去优化，再次感谢老师的回 ...

先让vesta载入一个和cube里原子坐标完全相同的结构文件（如cif文件），然后再在这边导入cube。

以玉名诗

Stardust0831 发表于 2025-10-8 21:17
你给的cube没法直接用所以我拿你inp重新跑了一下。
按你inp里的设定，用cp2k2025.1会遇到scf不收敛，猜 ...

老师您好！我现在想要使用cp2k的AIMD过程输出电子密度的cube文件，用来分析AIM电荷，但是发现原子都跑出了盒子。现在想先载入有盒子信息的restart文件，将原子卷入盒子，然后再载入cube文件进行分析。请问老师在Multiwfn中怎么先载入结构文件再载入cube文件呢？

Stardust0831

以玉名诗 发表于 2026-3-25 10:23
老师您好！我现在想要使用cp2k的AIMD过程输出电子密度的cube文件，用来分析AIM电荷，但是发现原子都跑出 ...

按说哪怕原子跑出盒子了应该也是要可以正常分析的，具体可以问问社长@sobereva .
实在不行直接改cube文件里的原子位置也行，一个典型的cube文件如下：

1. -Quickstep-
   
2. SPIN DENSITY
   
3.   539    0.000000    0.000000    0.000000
   
4.   240    0.149290    0.000000    0.000000
   
5.   240    0.000000    0.149290    0.000000
   
6.   600    0.000000    0.000000    0.154202
   
7.     1    0.000000    5.942942    4.435753    0.006752
   
8.     1    0.000000    5.942942   16.378962    0.006752
   
9.     1    0.000000    5.942942   28.322171    0.006752
   
10.     1    0.000000   17.886151    4.435753    0.006752
    
11.     1    0.000000   29.829360    4.435753    0.006752
    
12.     1    0.000000   17.886151   16.378962    0.006752
    
13. 中间略
    
14.     1    0.000000   18.352071   -0.373374   55.943867
    
15.     6    0.000000   17.019831    1.052207   56.653397
    
16.     1    0.000000   17.815641    1.810409   58.418492
    
17.     1    0.000000   15.245184    0.090787   57.125872
    
18.     1    0.000000   13.554046   18.353748   52.894648
    
19.   0.95123E-06  0.11315E-05  0.13294E-05  0.15377E-05  0.17430E-05  0.19237E-05
    
20.   0.20504E-05  0.20901E-05  0.20150E-05  0.18150E-05  0.15075E-05  0.11373E-05
    
21.   0.76438E-06  0.44312E-06  0.20524E-06  0.55427E-07 -0.19680E-07 -0.36871E-07
    
22. -0.52086E-08  0.77489E-07  0.22023E-06  0.42822E-06  0.69065E-06  0.97439E-06
    
23.   0.12299E-05  0.14077E-05  0.14759E-05  0.14294E-05  0.12872E-05  0.10815E-05

复制代码

其中的这个部分就在对应着cube文件里的原子坐标部分：

1. 1 0.000000 5.942942 4.435753 0.006752
   
2. 1 0.000000 5.942942 16.378962 0.006752
   
3. 1 0.000000 5.942942 28.322171 0.006752
   
4. 1 0.000000 17.886151 4.435753 0.006752
   
5. 1 0.000000 29.829360 4.435753 0.006752
   
6. 1 0.000000 17.886151 16.378962 0.006752
   
7. 中间略
   
8. 1 0.000000 18.352071 -0.373374 55.943867
   
9. 6 0.000000 17.019831 1.052207 56.653397
   
10. 1 0.000000 17.815641 1.810409 58.418492
    
11. 1 0.000000 15.245184 0.090787 57.125872
    
12. 1 0.000000 13.554046 18.353748 52.894648

复制代码

当前回帖和帖主问题已经没有明显联系了，或许更适合单独开个帖子？

以玉名诗

Stardust0831 发表于 2026-3-25 11:38
按说哪怕原子跑出盒子了应该也是要可以正常分析的，具体可以问问社长@sobereva .
实在不行直接改cube文 ...

不好意思老师，我已开了新帖进行请教。根据老师的建议，现在在cube文件中找到了相应的原子信息。但是目前Multiwfn不能读取cube文件中的盒子信息。能读取比如.cif、.restart的文件类型。但假如读取了盒子信息之后又不知怎么载入cube文件的信息了

sobereva

以玉名诗 发表于 2026-3-25 14:40
不好意思老师，我已开了新帖进行请教。根据老师的建议，现在在cube文件中找到了相应的原子信息。但是目前 ...

看http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 66016&fromuid=1