生成自由能形貌图的时候出错

王肖索

各位老师好，我现在对模拟后的体系想要绘制自由能形貌图，我找的视频说先周期性边界，然后选择了最后稳定的20ns,然后去除蛋白的平动和转动，生成rmsd和回旋半径

周期性

gmx trjconv -f fullmd1.xtc -s fullmd1.tpr -pbc whole -o whole.xtc

使用后20ns的轨迹

gmx trjconv -f whole.xtc  -s fullmd1.tpr  -n 1.ndx -o md480-500ns.xtc -b 480000 -e 500000 -skip 1 -pbc mol -ur compact-center

去除蛋白的平动和转动

gmx trjconv -s fullmd1.tpr -f md480-500ns.xtc -o md20.xtc -fitrot+trans

选择蛋白

然后是生成rmsd

gmx rms -s fullmd1.tpr -f md20.xtc -o rmsd.xvg

我选择骨架后服务器报错

Fatal error:
Molecule in topology has atom numbers below and above natoms (17579).
You are probably trying to use a trajectory which does not match the first
17579 atoms of the run input file.
You can make a matching run input file with gmx convert-tpr.
我搜原因是拓扑和轨迹不一致，但是我不知道是什么原因导致的，请各位老师指教，非常感谢

student0618

0. 这个应该发分子模拟 - GROMACS子版。
1. 处理轨迹时Output选了什么组？
2. 这问题与自由能形貌图好像没直接关系哦？

王肖索

student0618 发表于 2025-10-14 03:22
0. 这个应该发分子模拟 - GROMACS子版。
1. 处理轨迹时Output选了什么组？
2. 这问题与自由能形貌图好像 ...

好的那我改一下
选择轨迹选择protein-H
output选择的是system

是因为输出的是整体体系的原因吗

sobereva

gromacs的问题和第一性原理毫无关系，别乱找地方发帖。这次给你移动了，以后注意