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[GROMACS] 用type9拟合QM-MM本征能量时,如何确定拟合结果?

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楼主
各位老师好,想求助一下大家,我扫描完二面角,在对QM-MM能量进行拟合的时候,选用type9描述本征能量曲线,随着n=1,n=2,n=3...的增加,虽然曲线可以描述的更精准,但是每次给k和相位的初始值不同,都会拟合出不同的结果。并且过多的n,会导致曲线过拟合。请问针对这类问题,是否有一个正确拟合的标准?

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发表于 Post on 2025-10-15 10:19:11 | 只看该作者 Only view this author
1. n尽量不超过4,极限情况也不应当超过6;
2. 需要给k一个regularization;
3. 相位用0即可,不需要拟合,偶函数在化学意义上更make sense。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-15 11:07:32 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2025-10-15 10:19
1. n尽量不超过4,极限情况也不应当超过6;
2. 需要给k一个regularization;
3. 相位用0即可,不需要拟合 ...

非常感谢您的解答,前两个我能理解,但是第三个对于相位0的使用,是每一个周期都用0吗?但是我看sobtop或者amber生成的拓扑文件很多也是采用180,或者说,如果全设0,是否有可能导致拟合的精度不够无法吻合曲线呢?请您赐教,万分感激!

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发表于 Post on 2025-10-15 11:19:34 | 只看该作者 Only view this author
zwli 发表于 2025-10-15 11:07
非常感谢您的解答,前两个我能理解,但是第三个对于相位0的使用,是每一个周期都用0吗?但是我看sobtop或 ...

0和180一样的,相当于给k变个符号

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-15 11:36:38 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2025-10-15 11:19
0和180一样的,相当于给k变个符号

感谢您的回复,我根据您的建议尝试了一下,但是如果我设置固定4个周期的相位都是0,在拟合上R2会变得特别低。请问您遇到过类似的问题吗,这该如何解决呢?

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发表于 Post on 2025-10-15 11:40:42 | 只看该作者 Only view this author
zwli 发表于 2025-10-15 11:36
感谢您的回复,我根据您的建议尝试了一下,但是如果我设置固定4个周期的相位都是0,在拟合上R2会变得特别 ...

尝试不同的随机初值,挑几个拟合效果好的,用它们k的平均。

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