计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 238|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] sobEDA与手动计算的相互作用能不一致,且为正值

[复制链接 Copy URL]

39

帖子

0

威望

215

eV
积分
254

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 121089576 于 2025-10-15 18:05 编辑

我的体系是两个含C、H、O、N的阳离子分子,表面静电势都是正值。
我手动计算的相互作用能是负值,但是用sobEDA算的相互作用能就是正值,且静电作用能也是正值,感觉就像完全是排斥了。
想请教一下这种情况正常吗?我琢磨虽然它们都是阳离子分子,但是它们之间的氢键不就是来自于静电作用吗,那应该静电作用能是负值啊?
————————
重新补充一下,我将手动计算的溶剂效应能加进sobEDA算的相互作用能后就是负值了。但还是无法解释静电作用能也是正值。虽然真空中是明显排斥,但是溶液相是有吸引的可能的。是否可以认为sobEDA无法体现溶液条件下带同种电荷的两个分子的静电作用?

1万

帖子

0

威望

9740

eV
积分
21936

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2025-10-15 19:19:52 | 只看该作者 Only view this author
有氢键意味着参与形成氢键的基团对静电作用能的贡献是负的,不意味着总静电作用能是负的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124694

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2025-10-15 20:28:45 | 只看该作者 Only view this author
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html

上文明确说了溶剂的事,sobEDA.sh直接能给你算出来的是对应真空下的相互作用能

如果真空下的sobEDA的结果也和手算的对不上,按照上文FAQ部分说的检查
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

39

帖子

0

威望

215

eV
积分
254

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-16 13:37:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-10-15 19:19
有氢键意味着参与形成氢键的基团对静电作用能的贡献是负的,不意味着总静电作用能是负的

感谢回复,这样的话看总静电作用能是正,而能形成氢键又有负静电作用能,那这样的话这两个分子能结合或吸引吗?

1万

帖子

0

威望

9740

eV
积分
21936

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2025-10-16 14:09:32 | 只看该作者 Only view this author
121089576 发表于 2025-10-16 13:37
感谢回复,这样的话看总静电作用能是正,而能形成氢键又有负静电作用能,那这样的话这两个分子能结合或吸 ...

如果色散能、溶剂贡献等足够负,还是有可能结合的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-25 07:29 , Processed in 0.292510 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list