做合作课题一年后，想开展独立计算研究，该从哪里入手？

MVK

各位老师们，我们课题组主要做反应机理的计算，我加入现在的课题组已经接近一年了。课题组里都是在和做有机的实验组合作，在他们实验研究的基础上做扩展(只提供共一或二作)。最近我感觉升学上的压力非常大，从功利角度来看(实际上我也想要做点能全权掌握的课题)想要做一些独立的研究来发表自己一作的文章，老师们是怎么找到自己的计算研究的课题的，为了解决自己的课题又做出来了哪些不同于合作研究的努力呢？

wzkchem5

找近年来国际大佬的高水平实验工作，用比较先进的计算手段来做计算。
所谓的先进手段就是比一般合作文章都要高级的方法，例如别人只找个过渡态，你算个隧穿系数、做个能量分解分析，等等

sobereva

还可以自己理论设计一些新颖体系进行研究，如：
18个氮原子组成的环状分子长什么样？一篇文章全面揭示18氮环的特征！
http://sobereva.com/725（http://bbs.keinsci.com/thread-47955-1-1.html）
18碳环等电子体B6N6C6独特的芳香性：揭示碳原子桥联硼-氮对电子离域的关键影响
http://sobereva.com/696（http://bbs.keinsci.com/thread-42891-1-1.html）
全面揭示各种碳环与富勒烯之间独特的pi-pi相互作用！
http://sobereva.com/727（http://bbs.keinsci.com/thread-49376-1-1.html）
理论设计新颖的基于18碳环构成的双马达超分子体系
http://sobereva.com/684（http://bbs.keinsci.com/thread-39132-1-1.html）


以及构思新颖研究内容，比如电场效应，如：
一篇文章深入揭示外电场对18碳环的超强调控作用
http://sobereva.com/570（http://bbs.keinsci.com/thread-19364-1-1.html）
理论设计由18碳环与锂原子构成的电场可控的光学开关
http://sobereva.com/630（http://bbs.keinsci.com/thread-27232-1-1.html）

student0618

首先，如果是基于合作课题的纯计算文章， **必须** 先和合作组老师及自己导师商量好authorship，避免给人抢课题、合作者变竞争者的印象。

平常多读文献、好好了解计算方法、计算资源，直到见到一个课题可以想出几个方向、实作的计划(至少plan A+plan B)。这是要练习的。

也练习提出各种“为什么”问题、提问后查文献找答案、没答案资源允许用计算方法解答。

应用方向的话，用的方法是现有的。技术上门槛低、但要找有创新性的课题更难。先大量阅读文献，理解所研究体系相关还有什么没人做的。如果合作组有大量没发表的in-house data可以用较容易。

方法开发的话，技术上更难、但找合适课题反而更容易，任何课题只要可以证明方法实用就好。例如用标准benchmark 体系 + 实验组想解决的问题用这方法成功解决 = 我的方法普适/实用。

个人经验：我的第一篇文章是合作课题延伸出来的、合作组放弃了的项目。我问了他们PI后，深入探究先前计算结果不理想原因，再重复提出假设、验证。最后将他们分子设计方向的项目改为考察机理的项目发表。纯计算、应用方向，没有实验数据。要靠大量的文献用来correlate with 计算结果支持自己提出的假设，需要花极多时间及精力。

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SharkYYX2025

可以考虑两个方面：
1.共一然后轮换第一。我们就是这样的。我们组是做材料器件方向，和有机组合作，他们给我们合成分子，我们拿来用。一次做两个工作，两篇文章都是共一，分别我第一和第二，第一单位换着来。我觉得共一作第一还好，挺有用的，比独立一作含金量仅仅低一点点。这样文章数量会多点
同理，计算也是。因为纯计算发文章不容易发特别好的顶刊，可以按照这个思路。我同行，别的课题组就有专业做计算的学生，和实验组合作，拿共一作。
也可以考虑从机器学习方向，大批量筛选反应物催化剂之类，然后选出最合适的给有机组合成。你们就可以主导这个工作

2.在你们领域实验热点上面做一些理论研究。如果你不知道做什么，那多看文献可以解决这个问题。比如反应势垒，机理，能量台阶图。应该也有人做纯计算的工作，看看他们怎么选题的。也可以考虑一些学科交叉的角度，比如别的领域用了某个研究方法，在你的领域没人用过，你第一个用，就是创新。举个例子，有个研究做有机合成，拿白酒当溶剂代替乙醇，探究不同酒的影响，发了文章。我是做材料的，同行有人把统计学（经济学方面）的一些模拟方法拿来模拟分子的扩散，发了science。如果你有别的学科的知识积累，可以适当创新。

和别人合作，取长补短博采众长，对大家都好。但是对于利益分配不要让步不要吃亏，该谈的要谈清楚。做计算的不要给人当陪衬