怎么写关于从文件中搜索结构并删去重复结构的shell脚本

lyfchem

各位老师，就是我一个sdf文件 里面有多个分子 但是有的分子有多个重复的结构 我想通过脚本 把重复的结构都找到 只保留第一个分子的结构  其余都删掉 并且其余没有重复的结构按照原来的顺序不变和保留，请问怎么实现啊

sobereva

具体怎么实现、怎么写看你喜欢用什么语言
基本过程就是先把每个分子的坐标部分读进去，然后计算其每一对原子间距离并且进行排序，构成一个数组。然后对每个分子都这样构建数组，之后比较每个分子之间的这个数组，差异小于一定阈值就认为是相同的（这个也正是molclus程序里的gentor判断结构相似程度的方式）。最终就知道哪些分子是唯一的了，之后把sdf文件中那些唯一的分子对应的字段输出到新文件里即可。

ggdh

不太确定你是要消除重复构象。还是消除重复的化学结构？如果是后者，用
babel input.sdf unique.sdf --unique
如果是前者，除了sob提供的办法之外，用macromodel的redundant conformer elimination也行。