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[GROMACS] 求助,进行“底物+抑制剂+蛋白质”的三元复合物的MD模拟时,任务非正常结束。

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本帖最后由 JAM452 于 2025-10-21 23:07 编辑

各位老师好,我想进行200ns的“底物+抑制剂+蛋白质”的三元复合物的MD模拟,NVT平衡阶段顺利结束,但正式的MD重复了几次都在70-100ns之间非正常结束,出现的提示有两种情况,有时是 “ Can not fix pbc. ”,有时是(更多)“[1]+ Segmentation fault (core dumped)”。MD阶段没有产生gro文件,使用NVT平衡产生的gro文件和从md.xtc截取的最后几ns轨迹,通过VMD可视化检查没有发现明显不合理。
想请各位老师帮忙分析异常终止的可能原因,麻烦了!

GROMACS version:    2021.4
cpu( Intel (R) Xeon (R) Silver 4310有12核,使用命令是: nohup gmx mdrun -v -deffnm md -nt 6 -update gpu -gpu_id 0 -pin on -pinoffset 0 -pinstride 2 &
gpu(RTX 3090)显存24G

文件无法上传,详细的模拟文件放在了网盘:通过网盘分享的文件:模拟文件.rar
链接: https://pan.baidu.com/s/18CFMuXGy0SzJ_IGnYunFWA?pwd=dvge 提取码: dvge

运行时的cpu占用情况:


nohup.out末尾:
$ tail -f nohup.out
100000000 steps, 200000.0 ps.
step 16900: timed with pme grid 64 64 64, coulomb cutoff 1.000: 63.2 M-cycles
step 17100: timed with pme grid 56 56 56, coulomb cutoff 1.097: 69.9 M-cycles
step 17300: timed with pme grid 48 48 48, coulomb cutoff 1.280: 77.1 M-cycles
step 17500: timed with pme grid 52 52 52, coulomb cutoff 1.182: 78.8 M-cycles
step 17700: timed with pme grid 56 56 56, coulomb cutoff 1.097: 70.1 M-cycles
step 17900: timed with pme grid 60 60 60, coulomb cutoff 1.024: 63.5 M-cycles
step 18100: timed with pme grid 64 64 64, coulomb cutoff 1.000: 67.5 M-cycles
              optimal pme grid 64 64 64, coulomb cutoff 1.000
step 36648700, will finish Tue Oct 21 20:30:49 2025

md.log末尾:
$ tail -f md.log
  COM:      3.75357       3.73217       3.95918
  P:     -209.80145     147.17165    -313.60504
  V:       -0.00638       0.00447      -0.00953
  J:     -536.54285    -730.00024     173.38251
  w:       -0.00768      -0.01064       0.00303
Inertia tensor (3x3):
   Inertia tensor[    0]={ 4.29591e+04,  6.90597e+03,  4.77303e+03}
   Inertia tensor[    1]={ 6.90597e+03,  4.35239e+04, -1.18188e+04}
   Inertia tensor[    2]={ 4.77303e+03, -1.18188e+04,  3.40181e+04}
Group Protein with mass  3.29075e+












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2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-23 09:38:12 | 只看该作者 Only view this author
有老师可以帮忙看看吗?

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