分子模拟算配位相互作用大小可以吗？

horno · 发表于 Post on 2025-10-23 22:56:40

烦请问一下各位大牛，用分子模拟可以算金属离子和配体之间的配位相互作用的大小吗？比如铁离子和单宁酸之间的配位作用大小。
（本人分子模拟新手，烦请各位点拨一下，谢谢！）

KazusaT · 发表于 Post on 2025-10-23 23:03:46

这种情况模拟中单宁酸和铁离子之间要靠化学键约束吧，只靠电荷容易跑散，我觉得用MD来算不行，你所谓的配位相互作用实际上已经到了需要用化学键描述的程度吧？
如果你想算络合反应过程的能量之类的为什么不用DFT呢？

horno · 发表于 Post on 2025-10-23 23:17:34

KazusaT 发表于 2025-10-23 23:03
这种情况模拟中单宁酸和铁离子之间要靠化学键约束吧，只靠电荷容易跑散，我觉得用MD来算不行，你所谓的配位 ...

谢谢您，我这主要是想要算配位键的能量大小，还是要用DFT才可以做的吗？谢谢您

KazusaT · 发表于 Post on 2025-10-23 23:26:01

horno 发表于 2025-10-23 23:17
谢谢您，我这主要是想要算配位键的能量大小，还是要用DFT才可以做的吗？谢谢您

我并不熟悉你所说的单宁酸和铁离子的配位是一个怎样的结构，但如果你要计算配位键的键能，MD应该是无法满足你的要求。
配位键键能计算严格来讲要构建等键反应，不过如果几个配位键基本是等价的也可以用整个配位反应的焓变除以配位键数目来计算BDE。
你可以在论坛里搜一下关于键能计算的帖子，看一看相关的讨论。

sobereva · 发表于 Post on 2025-10-24 03:13:07

“分子模拟”这种描述过于粗糙，广义的分子模拟一词都包含量子化学和第一性原理计算，看下文了解相关知识
辨析计算化学中的任务类型和理论方法
http://sobereva.com/680（http://bbs.keinsci.com/thread-38982-1-1.html）

如果你是指基于普通分子力场的计算，完全没法计算明显牵扯轨道相互作用（包括配位键在内）的键能问题，一般来说必须做基于量子化学方法的计算。而诸如Na-Cl这样的离子键键能，基于分子力场虽然也能定性描述，但精度也远不及量子化学里常用的DFT。

你的这种目的研究，通过北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KEQC）学一遍，很快就会算了。

horno · 发表于 Post on 2025-10-24 13:24:22

sobereva 发表于 2025-10-24 03:13
“分子模拟”这种描述过于粗糙，广义的分子模拟一词都包含量子化学和第一性原理计算，看下文了解相关知识
...

好的，谢谢sob老师！

horno · 发表于 Post on 2025-10-24 13:24:49

KazusaT 发表于 2025-10-23 23:26
我并不熟悉你所说的单宁酸和铁离子的配位是一个怎样的结构，但如果你要计算配位键的键能，MD应该是无法满 ...

好的好的，谢谢您

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