两个链的蛋白质，在gromacs中em一直报错结构不稳定

wyw1 · 发表于 Post on 2025-10-25 15:40:16

我想分析一个蛋白质，它是由一个轻链和一个重链组成的，然后我分析了这两个蛋白链的pdb，生成了力场。我通过pymol，通过align组装了一个蛋白质，想要对这个组装出来的蛋白质进行动力学模拟，但是我在em这一步他一直报错我结构不稳定，可是我pymol上看这个结构还是挺稳定的，请老师帮帮忙看看问题在哪里

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-25 16:03:59

本帖最后由 student0618 于 2025-10-25 16:05 编辑

有没有原子重叠？图一的结构很乱看不出来，但一些链看上去叠在一起的？
跑这么大的结构用什么机器？
有没有先试一个单元看能不能跑？
力场文件？有没有试直接用 gmx pdb2gmx 生成？
mdp呢？grompp时有没有报错？em.log最后写的时什么？

tptp · 发表于 Post on 2025-10-25 16:06:52

如果结构没问题，能量最小化那你先用steep放到1000或者500，再用cg放到100，如果steep能放下来，cg放不下来，那就把cg拆成2步，先用cg到200，再用cg到100

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[GROMACS] 两个链的蛋白质，在gromacs中em一直报错结构不稳定

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