蛋白相变模拟前期nvt，npt平衡时间是否有最低限制

Jnannan · 发表于 Post on 2025-10-25 16:16:37

各位前辈好，我看有的文章平衡要平衡10ns左右，我想问是否必要。我的体系是模拟蛋白质相变，通过改变盐浓度进行多次模拟从而改变蛋白质相变分散相→凝聚相，最后分析轨迹观察氨基酸残基的相互作用力。这种背景下各位老师建议凝聚相和分散相分别应该平衡多久。

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-25 16:46:47

本帖最后由 student0618 于 2025-10-25 17:17 编辑

1. 不同体系、不同大小的蛋白、不同力场，所需时间是不同的。如果目的是equilibrium的模拟，判断是否已平衡的方法参考 http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html
2. 这目的所需要的Timescale很可能会很长，传统MD未必足够模拟。

Jnannan · 发表于 Post on 2025-10-25 17:14:42

student0618 发表于 2025-10-25 16:46
1. 不同体系、不同大小的蛋白、不同力场，所需时间是不同的。如果目的是equilibrium的模拟，何判断已平衡参 ...

太感谢啦

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