有关gromacs做RMSD分析时突然跳跃的问题

username · 发表于 Post on 2025-10-27 08:37:16

各位老师，认真查看VMD发现，蛋白是在42ns开始变形了，对于这种情况一般怎么处理呢？

username · 发表于 Post on 2025-10-27 08:46:43

各位老师，我观看了VMD，发现我的蛋白在模拟过程中第42ns开始，蛋白质开始变形，整个蛋白质被压扁了，请问这种情况怎么处理？

username · 发表于 Post on 2025-10-27 09:12:15

42ns变形前的蛋白质构象

username · 发表于 Post on 2025-10-27 10:08:14

各位老师，在MD模拟过程中在42ns蛋白质构象出现变化，该怎么处理？

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-27 14:49:27

1. 尽量不要分多个帖，有点混乱
2. 没力场、mdp内容、一开始蛋白结构是怎么来的(pdb? Homology model? AlphaFold?) 无法找原因。

如sob老师所说，提问时应尽量提供足够资讯帮助排查。

学不会太难啦 · 发表于 Post on 2025-10-27 21:05:39

本帖最后由学不会太难啦于 2025-10-27 21:08 编辑

我之前和你遇到了同样的问题，我按顺序输入了这三行就解决了
gmx trjconv -s MD.tpr -f MD.xtc -pbc nojump -o s1.xtc -n index.ndx
gmx trjconv -s MD.tpr -f s1.xtc -pbc cluster -o s2.xtc -n index.ndx
gmx trjconv -s MD.tpr -f s2.xtc -center -o s3.xtc -n index.ndx

如果不确定是不是蛋白质跑出盒子的问题的话，可以在vmd里输入pbc box -on，这样就能显示出盒子的范围

sobereva · 发表于 Post on 2025-10-28 03:53:01

username 发表于 2025-10-27 10:08
各位老师，在MD模拟过程中在42ns蛋白质构象出现变化，该怎么处理？

所有图片在一个帖子里一起给出并描述，别分成好多个回帖发！否则别人看着超级累，信息乱七八糟
并且前面我明确强调了，把盒子边框显示出来！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 有关gromacs做RMSD分析时突然跳跃的问题

浏览过的版块