Amber做GPU加速的REMD模拟必须使用pmemd.cuda.MPI跑吗？

非常美丽的巨兔 · 发表于 Post on 2025-10-27 18:19:56

最近装了pmemd24（也就是amber24）和ambertools25，用于GPU加速的REMD模拟。有一个疑惑，就是REMD必须使用pmemd.cuda.MPI跑吗，不能使用pmemd.cuda吗？换句话说pmemd.cuda不能接受-ng 和 -groupfile这两个参数吗？如果必须要用pmemd.cuda.MPI，需要 “mpirun -np 进程数” 指定进程，进程数一定是副本的正整数倍吗？还有个问题是可以4张卡跑8个进程吗，或者更极端一点只用一张卡？这样的话amber会平均把进程绑定到可用的卡上吗，还是必须手动映射？

新手小白，有诸多问题不懂，请教各位大佬，不胜感激！

sobereva · 发表于 Post on 2025-10-28 03:49:49

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Amber分子模拟求助” 改了，以后务必注意！

许正东 · 发表于 Post on 2025-10-28 14:14:34

同问，我用amber跑gamd，也遇到过这个情况。请问老师你解决了吗？

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-28 14:38:19

许正东发表于 2025-10-28 14:14
同问，我用amber跑gamd，也遇到过这个情况。请问老师你解决了吗？

GaMD和REMD不同吧，GaMD一般用单卡跑就好。

Huschein · 发表于 Post on 2025-10-29 01:04:16

amber只有进程级并行所以MPI是必不可少的尤其是遇到 -groupfile 这种，必然是开多个进程的只能是cuda.MPI

许正东 · 发表于 Post on 2025-10-30 14:11:06

student0618 发表于 2025-10-28 14:38
GaMD和REMD不同吧，GaMD一般用单卡跑就好。

好的，谢谢，老师👌

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