计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9729|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 药物载体在溶剂中计算

[复制链接 Copy URL]

23

帖子

0

威望

132

eV
积分
155

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
   老师您好,最近用氨基酸搭建了八聚体和十聚体笼状结构,再在其中放入药物分子,体系为C、H、O、N、F原子,原子数共200个左右。在Gaussian默认条件下进行了优化、频率分析、相互作用能计算等一系列分析。现在一位审稿人给的意见,让在溶剂中进行计算,再与真空条件下进行对比。
   想请问老师,对于这样的体系,该怎样在溶剂中进行一系列计算?请老师给点指导意见,谢谢!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120201

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2017-4-22 08:01:50 | 只看该作者 Only view this author
看具体想比较什么
通常就用 scrf=solvent=溶剂名 来通过隐式溶剂模型表现,基本常识见
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

23

帖子

0

威望

132

eV
积分
155

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-22 09:52:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-22 08:01
看具体想比较什么
通常就用 scrf=solvent=溶剂名 来通过隐式溶剂模型表现,基本常识见
谈谈隐式溶剂模型 ...

谢谢sob老师,气相中主要做了构型优化、相互作用能计算和图形化药物与笼之间形成的相互作用力。
我也不太清楚具体可以比较哪几点? 还请老师给点指导意见。  另外,
1.对于这样的中性分子,是否可以不用在溶剂环境下再进行构型优化(体系有点多,全优化很费时间),直接计算单点能和相互作用能?
2.若要优化,要和气象中的优化级别保持一致吗? opt= m062x/6-31g(d,p) scrf=(SMD,solvent=water) 这样的关键词是否可以?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120201

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2017-4-22 12:45:38 | 只看该作者 Only view this author
如果就要考察浸在溶剂中的情况,就加上scrf重算那些就完了
1 可以不重新优化
2 没特殊必要不要换级别。可
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

23

帖子

0

威望

132

eV
积分
155

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-22 12:52:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-22 12:45
如果就要考察浸在溶剂中的情况,就加上scrf重算那些就完了
1 可以不重新优化
2 没特殊必要不要换级别。可

谢谢sob老师,那在溶剂中算相互作用能, 看您以前回答的一个问题说“液相条件下不能直接用BSSE校正”, 我的关键词为  p  m062x/6-31+g(d,p) counterpoise =2 scrf=(solvent=water) ,不可以吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120201

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2017-4-22 12:54:32 | 只看该作者 Only view this author
wweng 发表于 2017-4-22 12:52
谢谢sob老师,那在溶剂中算相互作用能, 看您以前回答的一个问题说“液相条件下不能直接用BSSE校正”,  ...

不可以。
应当在气相下做counterpoise,把BSSE校正能加到溶液下算的相互作用能上
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

23

帖子

0

威望

132

eV
积分
155

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-22 13:36:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-22 12:54
不可以。
应当在气相下做counterpoise,把BSSE校正能加到溶液下算的相互作用能上

老师,在溶液下算两者间相互作用能该用什么关键词合适呢?

在气相下做counterpoise,是在液相优化的结构上,直接#p  m062x/6-31+g(d,p) counterpoise =2 得到BSSE校正能吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120201

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2017-4-22 16:18:55 | 只看该作者 Only view this author
wweng 发表于 2017-4-22 13:36
老师,在溶液下算两者间相互作用能该用什么关键词合适呢?

在气相下做counterpoise,是在液相优化的结 ...

复合物能量减单体能量

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

23

帖子

0

威望

132

eV
积分
155

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-22 17:41:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-22 16:18
复合物能量减单体能量


好的,非常感谢sob老师的耐心回答。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 04:09 , Processed in 0.178640 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list