请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 1043|回复: 13

[波函数分析求助] 文献方法的疑问(共晶能量计算)

[复制链接]

40

帖子

0

威望

875

eV
积分
915

Level 4 (黑子)

发表于 2017-4-22 14:49:11 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老师好,在学习文献Chem. Sci. , 2011, 2, 883–890中,对于没有单晶数据的共晶(就是目前还未长出单晶)的能量是怎么算的,请老师帮忙解答,谢谢!


2551

帖子

23

威望

8843

eV
积分
11854

Level 6 (一方通行)

发表于 2017-4-22 15:28:48 | 显示全部楼层
摘要里即写的很清楚,无非是设计某种很容易得到的(一般效果不怎么好的)描述符,把它的值和某实验值用简单拟合的方式联系起来
  1. Calculated gas phase molecular electrostatic potential surfaces have been used to identify sets of H-bond donor and H-bond acceptor sites that describe the possible intermolecular interaction sites on the surface of a molecule. The calculated H-bond parameters, αi and βj, were used to estimate interaction site pairing energies in the solid form of the compound through a hierarchical mapping of complementary donor and acceptor sites: the interaction energy for each contact is simply given by the product −αiβj. The approach assumes that all of the interactions that can be made in the solid are made and that the details of three-dimensional structure and crystal packing are of secondary importance.
复制代码

40

帖子

0

威望

875

eV
积分
915

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2017-4-22 20:47:30 | 显示全部楼层
liyuanhe211 发表于 2017-4-22 15:28
摘要里即写的很清楚,无非是设计某种很容易得到的(一般效果不怎么好的)描述符,把它的值和某实验值用简单 ...

假如出物质A和纯物质B,形成共晶AB,纯物质A和B的能量按照公式,可以在Gaussian中直接计算获得,那共晶AB如何计算,是在gaussian中将A和B放在一起去计算吗?

2551

帖子

23

威望

8843

eV
积分
11854

Level 6 (一方通行)

发表于 2017-4-22 21:12:20 | 显示全部楼层
mars936 发表于 2017-4-22 20:47
假如出物质A和纯物质B,形成共晶AB,纯物质A和B的能量按照公式,可以在Gaussian中直接计算获得,那共晶AB ...

显然不能用高斯直接计算共晶体,文中也不是这么计算的。

40

帖子

0

威望

875

eV
积分
915

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2017-4-22 22:37:52 | 显示全部楼层
liyuanhe211 发表于 2017-4-22 21:12
显然不能用高斯直接计算共晶体,文中也不是这么计算的。

文献方法是共晶的预测方法,如果不能在无单晶的情况下计算共晶的能量,这个方法就不能预测共晶了,方法的意义就不存在了

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
46654

管理员

公社社长

发表于 2017-4-23 00:19:32 | 显示全部楼层
用Multiwfn计算出单体分子表面静电最大、最小点数值,由此得到alpha、beta,再代入相互作用能估算公式并预测结合能力即可。操作看
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
1.png
2.png
3.png
4.png
5.png
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社QQ群,1号:18616395,2号:466017436。达5000人,专门交流理论、计算化学。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

63

帖子

0

威望

1052

eV
积分
1115

Level 4 (黑子)

发表于 2017-4-23 08:21:22 | 显示全部楼层
Sob正解。
这一方法预测比较大的问题是1)分子只考虑最低能量构象,但形成共晶很可能不是最低构象 2)只是dimer的结果,只能适用于API和CCF1:1的情况 3)无法考虑周期性。根据我的经验,这一方法做做事后诸葛亮的分析还是挺好;但想预测,还是用专门的晶体结构预测软件 USPEX、calypso、polymorph之类吧。

40

帖子

0

威望

875

eV
积分
915

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2017-4-23 10:04:14 | 显示全部楼层
sob老师解析豁然开朗,纠结好久了,谢谢!
也谢谢wei和liyuanhe211二位老师的帮助!

40

帖子

0

威望

875

eV
积分
915

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2017-5-3 22:09:33 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2017-4-23 00:19
用Multiwfn计算出单体分子表面静电最大、最小点数值,由此得到alpha、beta,再代入相互作用能估算公式并预 ...

sober老师,我按公式计算,ΔE为什么是正直,例如纯A有ai=2,bi=4;纯B有ai=3,bi=5,按公式EAA=-2*2*4=-16;EBB=-2*3*5=-30;EAB=-2*5-3*4=-22,EAB=-22-(-16/2)-(-30/2)=1

171

帖子

0

威望

1251

eV
积分
1422

Level 4 (黑子)

秦都王城守卫教头

发表于 6 天前 | 显示全部楼层
本帖最后由 alonewolfyang 于 2019-10-8 09:33 编辑
sobereva 发表于 2017-4-23 00:19
用Multiwfn计算出单体分子表面静电最大、最小点数值,由此得到alpha、beta,再代入相互作用能估算公式并预 ...

老师,如果已经根据Multiwfn预测后两种分子可以形成共晶,那么共晶结构怎么优化?用MS里面的polymorph可否?
用心去观察这纷纷扰扰的红尘

63

帖子

0

威望

1052

eV
积分
1115

Level 4 (黑子)

发表于 6 天前 | 显示全部楼层
不要说共晶,就是柔性稍大的分子想预测其晶体结构都很困难,而且,即使预测出来,也得有相应的实验作为验证。所以我只能说,这是个大坑,别跳。

2万

帖子

25

威望

2万

eV
积分
46654

管理员

公社社长

发表于 5 天前 | 显示全部楼层
alonewolfyang 发表于 2019-10-8 09:22
老师,如果已经根据Multiwfn预测后两种分子可以形成共晶,那么共晶结构怎么优化?用MS里面的polymorph可 ...

原理上通过分子动力学模拟可以实现,你可以搜搜相关文章,但这不是绝不是件容易事
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社QQ群,1号:18616395,2号:466017436。达5000人,专门交流理论、计算化学。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

63

帖子

0

威望

1052

eV
积分
1115

Level 4 (黑子)

发表于 5 天前 | 显示全部楼层
分子动力学模拟有点类似于穷举法了。这儿一般都是用人工智能来优选结构的,如果是基于力场来做,力场还得仔细调优

171

帖子

0

威望

1251

eV
积分
1422

Level 4 (黑子)

秦都王城守卫教头

发表于 前天 21:35 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-10-9 08:46
原理上通过分子动力学模拟可以实现,你可以搜搜相关文章,但这不是绝不是件容易事

谢谢老师,我搜一下相关的文献
用心去观察这纷纷扰扰的红尘
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2019-10-14 22:29 , Processed in 0.225116 second(s), 26 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表