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[GROMACS] 关于氢键分析的疑问,统计氢键的时候老是显示无供体而报错

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我用gromacs想统计小分子BBH之间的氢键,这个小分子的结构在附件中,明明这个小分子含有N,H,O元素,为什么统计氢键的时候老是显示无供体而报错呢?

氢键分析.png (78.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

氢键分析.png

BBH.pdb

4.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

BBH.itp

33.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

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发表于 Post on 2025-11-3 22:42:51 | 只看该作者 Only view this author
gromacs是根据原子类型判断供体受体的,如果你是自己构建的拓扑文件,原子类型不在gromacs认识的供体受体列表就会认不出来

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-5 18:28:44 | 只看该作者 Only view this author
KazusaT 发表于 2025-11-3 22:42
gromacs是根据原子类型判断供体受体的,如果你是自己构建的拓扑文件,原子类型不在gromacs认识的供体受体列 ...

您好,我上传了这个小分子的拓扑文件,您能帮我看看里面的氧是不是gromacs无法识别?谢谢!

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发表于 Post on 2025-11-9 02:40:55 | 只看该作者 Only view this author
你这个体系没有O-H、N-H,自然被判断为没有donor。至于C-H是极弱的donor,gmx hbond默认不视为donor
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-10 12:16:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-9 02:40
你这个体系没有O-H、N-H,自然被判断为没有donor。至于C-H是极弱的donor,gmx hbond默认不视为donor

谢谢卢老师,那请问这样的体系是不是就没办法用gromacs统计氢键了?

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发表于 Post on 2025-11-11 00:19:23 | 只看该作者 Only view this author
Lisy 发表于 2025-11-10 12:16
谢谢卢老师,那请问这样的体系是不是就没办法用gromacs统计氢键了?

你这个体系本来就没值得一提的氢键
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