OpenMM与Gromcas使用体验

AxiEJohn

本人长期使用gromacs，也听闻过OpenMM，就其“算得极快”的外号，本人花了一个小时从零开始使用其自带转换工具转换先前已准备好的Gromacs模拟文件，并对比其与Gromacs的速度差异。
配置：CPU 9950X，GPU 5090
OpenMM:713  (ns/day)
Gromacs: 733.858 (ns/day)

原子数:53179
积分器：OpenMM(LangevinMiddle) vs GROMACS(md/leap-frog)
时间步长：0.002 ps (两者相同)
约束算法：HBonds (OpenMM) vs LINCS (GROMACS)
截断半径：1.0 nm (OpenMM) vs 1.2 nm (GROMACS)

对于OpenMM,本人使用默认参数（不会调优）；对于gromacs，则使用gmx mdrun -pin on -ntmpi 1 -ntomp 12 -pme gpu -deffnm md -v -nb gpu -update gpu -bonded gpu -gpu_id 0。
可能是本人不会使用或是没有调优，OpenMM与Gromacs相差不多，二者运行时GPU使用度均为90%。让我震惊的是，gromacs使用了多个核辅以GPU加速达到当前速度，而OpenMM对CPU几乎没有占用。

看来OpenMM对GPU集群十分友好。

TIPS：请大家理性看待，本人是使用OpenMM的新手，可能存在误导。

AxiEJohn

OpenMM计算时：


Gromacs计算时:

rugals

截断半径是我理解的那个截断半径么？
GMX用更大的截断跑得还比OPENMM快

不过这个速度差异不明显，基本可以认为不相伯仲

enthalpy

目前OPENMM在有虚拟点的系统如使用TIP4P, TIP5P 和OPC水模型时会有速度优势。GMX 目前没法支持 -update gpu 模式， 会有速度损失。

mizu-bai

enthalpy 发表于 2025-11-5 20:23
目前OPENMM在有虚拟点的系统如使用TIP4P, TIP5P 和OPC水模型时会有速度优势。GMX 目前没法支持 -update gpu ...

原来如此，我之前用 Madrid 2019 (TIP4P) 跑水盐溶液的时候发现 OpenMM 速度甚至比 GROMACS 更快，还以为 GROMACS 哪里没调好