GROMACS模拟中怎样添加Cr3+离子的参数

caohuiming · 发表于 Post on 2017-4-24 10:11:08

各位同学，在用gromacs模拟蛋白结合ADP的体系中，活性位点有Mg2+离子的存在，使用amberff99sb力场可以识别Mg2+。
但是，将蛋白PDB文件中的Mg替换为CR，即将Mg2+替换为Cr3+，考察对于ADP结合能力影响时，自带的amberff99sb力场中并没有Cr3+的参数，怎样添加力场中没有的离子的参数呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-24 11:01:13

单纯地添加新离子，就在ions.itp里面增加新的moleculetype，并且ffnonbonded.itp里面增加新的原子类型，并且atp文件里也增加新的。
但对于过渡金属离子一般不是这么就了事的，毕竟会形成配位键，需要结合实际情况考虑更多。

liuyjhx · 发表于 Post on 2019-4-23 18:05:20

sobereva 发表于 2017-4-24 11:01
单纯地添加新离子，就在ions.itp里面增加新的moleculetype，并且ffnonbonded.itp里面增加新的原子类型，并 ...

老师请问，我想模拟一个有机分子一种金属离子有没有识别作用，我应该用什么软件比较好一些？

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-24 02:59:57

liuyjhx 发表于 2019-4-23 18:05
老师请问，我想模拟一个有机分子一种金属离子有没有识别作用，我应该用什么软件比较好一些？

静态的方式研究，就算一下结合能看大不大
动态方式的研究，跑一下从头算动力学看模拟过程中是否容易自发结合、结合稳定
如果不做量化计算，可以考察分子表面静电势

liuyjhx · 发表于 Post on 2019-4-24 08:32:21

sobereva 发表于 2019-4-24 02:59
静态的方式研究，就算一下结合能看大不大
动态方式的研究，跑一下从头算动力学看模拟过程中是否容易自发 ...

好的谢谢

lele123 · 发表于 Post on 2024-10-22 20:53:51

sobereva 发表于 2017-4-24 11:01
单纯地添加新离子，就在ions.itp里面增加新的moleculetype，并且ffnonbonded.itp里面增加新的原子类型，并 ...

sob老师，能否求一篇讲解过渡金属离子如何合理添加参数以及模拟中过渡金属离子其他需要注意的事项的博文？比较类似的情况，还有催化性水分子在模拟中需要额外注意的事项

牧生 · 发表于 Post on 2024-10-22 21:00:52

本帖最后由牧生于 2024-10-23 11:03 编辑

lele123 发表于 2024-10-22 20:53
sob老师，能否求一篇讲解过渡金属离子如何合理添加参数以及模拟中过渡金属离子其他需要注意的事项的博 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-40359-1-1.html

复制粘贴支撑文件中的参数即可
如果没有你要的，看这篇文献
J. Chem. Theory Comput. 2021, 17, 2342-2354

lele123 · 发表于 Post on 2024-10-23 08:17:29

牧生发表于 2024-10-22 21:00
http://bbs.keinsci.com/thread-40359-1-1.html

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好的我去拜读一下，谢谢

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