gromacs加墙后模拟变慢很多正常吗？

KazusaT

各位老师好，今日在学习gromacs模拟如何加墙并使用二维周期性，模拟正常跑起来了，就是一个简单的水-正己烷的两相盒子，拿来练手的。发现加墙后模拟变得很慢，其他参数设置相同的情况下慢大概5~6倍，加墙的代码如下

1. pbc = xy
   
2. nwall = 2
   
3. wall-atomtype = H H
   
4. wall-type = 9-3
   
5. wall-r-linpot = 0.5
   
6. wall-density = 512 512
   
7. wall-ewald-zfac = 3
   
8. ewald-geometry = 3dc

复制代码

请问变慢是正常的还是我哪里设置的不合适了？

student0618

没记错的话，加墙有部分计算不能用gpu。

KazusaT

student0618 发表于 2025-11-5 21:28
没记错的话，加墙有部分计算不能用gpu。

原来如此，明白了，谢谢老师

student0618

KazusaT 发表于 2025-11-5 21:32
原来如此，明白了，谢谢老师

补个官方论坛相关讨论的连结 https://gromacs.bioexcel.eu/t/wall-simulations-with-gpu/7849