gromacs对SiO2上有两个蛋白质的体系能量最小化失败

wyw1 · 发表于 Post on 2025-11-7 15:04:59

我想要构造一个真空的环境，在这个盒子中有一个sio2的板子，在这个板子上有两个蛋白质，将一个蛋白质的部分原子和板子都freeze住。但是现在能量最小化一直失败，有没有大佬能帮我看看问题出在哪里。pdb文件太大了上传不了。

student0618 · 发表于 Post on 2025-11-7 17:53:50

最小化时蛋白先不要freeze看看会不会报错或跑太开

wyw1 · 发表于 Post on 2025-11-7 22:50:47

本帖最后由 wyw1 于 2025-11-7 23:59 编辑

student0618 发表于 2025-11-7 17:53
最小化时蛋白先不要freeze看看会不会报错或跑太开

我不冻结蛋白，单单冻结板能量也没有收敛

Huschein · 发表于 Post on 2025-11-8 02:32:50

lbfgs太慢你的体系太大 steep后单独做steep结合cg可能会更好
收敛线1000 一般对于单个生物蛋白是可以的你这个体系很大很复杂可以尝试更大的收敛线，或者分层多次收敛，steep/cg/lbfgs等
步长可以改的更小一点如果你想收敛的精细一点

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[GROMACS] gromacs对SiO2上有两个蛋白质的体系能量最小化失败