计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 153|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 溶液/溶质分子的力场与主top中Include的力场冲突

[复制链接 Copy URL]

47

帖子

0

威望

175

eV
积分
222

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
sob老师及各位大佬,我的电解液体系包含有有机分子及锂盐分子,都是通过sobtop基于GAFF力场产生的itp文件,但是我通过北京科音分子动力学与gromacs程序培训班讲义了解到对于电解液体系使用KBFF力场更好(此处有个小疑问,对电解液体系是使用KBFF更好还是KBFF20更好?),现在我使用的Li.itp是基于KBFF20力场的,而2255THF.itp、No3-.itp、F2No4S2-.itp是基于GAFF的,那我在主top文件里Include"kbff20.ff/forcefield.itp",这会不会与GAFF冲突!之前我使用的是amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp力场,但是效果不佳,现在我想试试KBFF力场,那我现在应该如何做来避免这个冲突呢?恳请sob老师及各位大佬解答一下!


kbff20.ff.tar (310 KB, 下载次数 Times of downloads: 3) 2255THF.itp (11.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) F2No4S2-.itp (4.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) Li.itp (152 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3) md_heat_NPT.mdp (789 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4) md_NPT.mdp (681 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1) No3-.itp (1.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) topol.top (4.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-11-13 01:49:42 | 只看该作者 Only view this author
KBFF的comb-rule跟AMBER/GAFF不一样,没法混用
可以尝试Merz的Li+的参数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

47

帖子

0

威望

175

eV
积分
222

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-13 10:12:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-13 01:49
KBFF的comb-rule跟AMBER/GAFF不一样,没法混用
可以尝试Merz的Li+的参数

好滴sob老师,那我的其他的溶质/溶剂分子,还包括主top中Include的力场全都不变是吗,只用将锂离子的参数换为Merz的是嘛

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-11-13 23:09:20 | 只看该作者 Only view this author
Wxh18130507355 发表于 2025-11-13 10:12
好滴sob老师,那我的其他的溶质/溶剂分子,还包括主top中Include的力场全都不变是吗,只用将锂离子的参数 ...

include AMBER的forcefield.itp
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

47

帖子

0

威望

175

eV
积分
222

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-20 10:37:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-13 23:09
include AMBER的forcefield.itp


老师,您看下是这样的对吧

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2025-11-21 03:36:51 | 只看该作者 Only view this author
Wxh18130507355 发表于 2025-11-20 10:37
老师,您看下是这样的对吧

这明明是KBFF目录下的forcefield.itp
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-24 01:13 , Processed in 0.210613 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list