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[GROMACS] 求助:关于聚合物链拉伸模拟的疑问

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本帖最后由 Lisy 于 2025-11-14 09:38 编辑

我想进行一条聚合物链的拉伸模拟,参考了卢老师的金属棒的拉伸案例写相应的mdp文件,可是运行的时候老是出现这个报错,请问是什么原因呢?

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发表于 Post on 2025-11-13 15:41:01 | 只看该作者 Only view this author
虽然我不知道具体这个问题是什么原因,但是你的top文件[ atomtypes ]写的不对,漏掉了很多原子序数,聚合物PDE.itp里原子电荷也全是0.

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发表于 Post on 2025-11-13 17:41:15 | 只看该作者 Only view this author
mdp文件里面cutoff-scheme = Verlet,而且你有好多错误,初始速度没设置,温度没设置

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发表于 Post on 2025-11-15 05:56:36 | 只看该作者 Only view this author
提示写了,电荷组定义不当,一个电荷组里不能有那么多原子
要么用cutoff-scheme = verlet结合三维周期性模拟(给足够大真空区等价于非周期性体系),要么修正电荷组定义,比如让每个重复单元作为一个电荷组
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