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[GROMACS] 后处理分析中水蒸气的密度分布问题

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请教下各位老师,我模拟了200摄氏度,常压下水体系,跑了20ns,为何水的密度不是蒸汽的密度呢,水的密度依然很大,水分子用的SPC型,我该如何模拟出蒸汽的密度呢,是需要在那些地方设置呢,请老师们解惑。一开始建立了5000个水分子,是需要水分子变得少点吗

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发表于 Post on 2025-11-13 21:21:50 | 只看该作者 Only view this author
先试试按盒子容量算目标蒸气密度有多少个水分子。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-13 21:50:43 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-11-13 21:21
先试试按盒子容量算目标蒸气密度有多少个水分子。

好滴,我试下

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发表于 Post on 2025-11-15 06:07:25 | 只看该作者 Only view this author
没有体系结构图、mdp这些东西没法准确回答。你说是在常压下模拟的,但用的是各向同性控压还是半各向同性都不知道,若是前者的话明显不合适
没事不要用SPC,模拟水的性质远不如SPC/E,更不如OPC3和最好的OPC
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-15 16:55:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-15 06:07
没有体系结构图、mdp这些东西没法准确回答。你说是在常压下模拟的,但用的是各向同性控压还是半各向同性都 ...

老师,请问opc3水能精确描述水相变的热力学性质吗,我的水盒子是5*5*5,一共5000个水分子,用的各向同性控压,compressibility     =  4.5e-5    ,模拟后发现水的密度依然是液态热水密度。是要减小分子数量改变压缩系数吗

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发表于 Post on 2025-11-15 19:40:05 | 只看该作者 Only view this author
有个麻烦是这些水模型多数对非常温液态水的描述并不理想。

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