SMD模拟中扩大盒子设定问题

HanLuyao

请问我模拟的蛋白是按照X轴放置的
使用的这个命令gmx editconf -f 2aes.gro -d 1.5 -o box.gro -princ

我在后续模拟的过程中想要对绿色链c端施加拉力，对橙色链C端进行固定，拉力方向沿着加力端和固定端的连线上面，我需要怎么扩大盒子呢

student0618

先看看gro最后一行盒子xyz

gmx editconf 用 “-box 目标的x边长 y边长 z边长 ” 取代 “-d 1.5”

记得重新加水

p.s. 拉开时可能用质心距离较好，拉C端有可能把蛋白拉散(除非这是目的)。

HanLuyao

student0618 发表于 2025-11-13 22:41
先看看gro最后一行盒子xyz

gmx editconf 用 “-box 目标的x边长 y边长 z边长 ” 取代 “-d 1.5”

老师这个x y z是都要改是吗，蛋白盒子放在原始的中心吗

student0618

HanLuyao 发表于 2025-11-14 09:44
老师这个x y z是都要改是吗，蛋白盒子放在原始的中心吗

如果本来的边长足够理想就只需改要扩大的轴

要拉开不必再置中，给它足够距离拉开而不会跨周期。