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[Multiwfn使用咨询] Multiwfn如何产生自旋密度分布图的镜像

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楼主
各位老师大家好!
      我在使用Multiwfn产生自旋密度分布图时,发现已经算出来的结构是原来的镜像。有一个解决办法是将优化好的结构用gview产生一个镜像,之后重算一遍,之后再用Multiwfn画出自旋密度分布。但我觉得这样非常浪费时间。各位老师有什么简单的办法吗?比如说将产生的*.cub文件进行某种镜像操作。或者直接用Multiwfn将分子结构以及波函数一次性产生镜像?

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发表于 Post on 2025-11-15 11:54:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-11-15 11:56 编辑

可以使用MOKIT程序中的mirror_wfn函数,专为这种问题设计,可以从一个已经算完的fch文件(既然用此功能,一般是手性分子),瞬间产生镜像分子结构和镜像后的波函数fch文件,无需经由量子化学计算,例如我有一个R.fch文件,启动Python,运行如下两行内容
  1. from mokit.lib.mirror_wfn import mirror_wfn
  2. mirror_wfn('R.fch')
复制代码
随即产生R_m.fch,m即表示镜像反转。总密度和自旋密度也会有相应的变换。可载入GaussView/Multiwfn做波函数分析,获得你说的“自旋密度分布图的镜像”;也可使用此fch文件进行后续计算(转化为chk文件,然后在gjf文件里使用guess=read geom=allcheck读取坐标和波函数)。如果此前未安装、使用过MOKIT,可以看中文README,使用conda便捷地创建环境、在线安装。

自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-15 12:10:54 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2025-11-15 11:54
可以使用MOKIT程序中的mirror_wfn函数,专为这种问题设计,可以从一个已经算完的fch文件(既然用此功能,一 ...

,太感谢老师了,一定引用您的文章!

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发表于 Post on 2025-11-15 12:12:24 | 只看该作者 Only view this author
BinWang 发表于 2025-11-15 12:10
,太感谢老师了,一定引用您的文章!

一开始只有我一个人写,现在我们有两个主要开发者。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-15 12:17:37 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2025-11-15 12:12
一开始只有我一个人写,现在我们有两个主要开发者。

,厉害

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发表于 Post on 2025-11-15 16:54:00 | 只看该作者 Only view this author
其实直接在看图/作图程序里做一个翻转就完了,都不需要涉及到计算步骤
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-15 18:30:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 BinWang 于 2025-11-15 18:36 编辑
sobereva 发表于 2025-11-15 16:54
其实直接在看图/作图程序里做一个翻转就完了,都不需要涉及到计算步骤

非常感谢Sob老师回复,我需要导出镜像分子的自旋密度的.cub文件,之后用vmd进行可视化渲染,这个Multiwfn程序能做到吗?邹老师推荐的MOKIT程序确实能够非常有效的翻转波函数文件*.fchk,效果挺好的,之后我用Multiwfn导出了镜像分子自旋密度.cub文件。我在VMD里面做了很多探索,没有发现VMD有这种翻转镜像的功能

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发表于 Post on 2025-11-16 05:37:38 | 只看该作者 Only view this author
BinWang 发表于 2025-11-15 18:30
非常感谢Sob老师回复,我需要导出镜像分子的自旋密度的.cub文件,之后用vmd进行可视化渲染,这 ...

没这个功能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-17 09:42:35 | 只看该作者 Only view this author

非常感谢Sob老师的回复

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