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[GROMACS] 求助如何判定自己的模拟是否结束

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各位前辈好,我现在进行了蛋白质相变分散相的模拟,如何判断我的模拟不需要往下进行。这是我的RMSD值,我不太会看,请各位前辈指教。这两个区别怎么那么大呀。

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发表于 Post on 2025-11-15 22:35:42 | 只看该作者 Only view this author
模拟目的是什么?不同目的要观察的都不同。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 2025-11-16 05:51:20 | 只看该作者 Only view this author
先把此文看了,若还有问题,结合楼上的提示补充必要的信息
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-17 09:48:51 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-11-15 22:35
模拟目的是什么?不同目的要观察的都不同。

前辈好,我的目的是看一下分散相整体结构40ns是否达到稳定,这样我好切换盐浓度进行凝聚相的模拟。我可能表述的不是很清楚,前辈您有问题还可以继续问

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-17 09:54:25 | 只看该作者 Only view this author
还有一个问题就是这个图上三条不同颜色的线代表什么呀,那个稳定为准呀

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