gmx hbond计算氢键时，针对氢键数目解读的疑惑

QiMengInori

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我在使用gmx hbond工具进行氢键分析分析时（指令：gmx hbond -s md.tpr -f mdnoPBC.xtc -n index.ndx -num hbnum_A_B.xvg；选择index.ndx文件中指定的A与B链），得到三列数据：第1列是时间，第二列是Hydrogen bonds，第三列是Pairs within 0.35 nm。（图1）

经过查询资料，我当前其对理解是：Pairs within 0.35 nm指距离在0.35nm不考虑氢键键角判据的氢键数，Hydrogen bonds是更进一步满足距离和键角的氢键数目。
如果是这样的化，理应Hydrogen bonds数目≤Pairs within 0.35 nm数目，但是我做出的结果几乎却是相反的

再深入了解了一下后，有解释说Pairs within 0.35 nm是指距离在0.35nm不考虑氢键键角判据的氢键供体-受体对，一组供体-受体对可以形成不止1个氢键，所以这种情况下ydrogen bonds数目＞Pairs within 0.35 nm数目是符合逻辑的。并可以通过生成hbonds.ndx文件（记录在氢键分析过程中出现的 Donor–Hydrogen–Acceptor 原子组合）查看。
我按照这个方式去做之后，又看到了一组结果，这个貌似指供体原子序号和氢原子序号，比如供体原子为1号，对应了2/3/4这三个氢原子，形成三个氢键？（图2）



对这个问题我属实难以理解，还请各位指点迷津，非常感谢。

KazusaT

1. 如果我的理解没错，应该第一列是时间，第二列是满足角度+满足距离的氢键数目，第三列是满足距离+不满足角度的氢键数目，也就是说二、三列相加是只考虑距离的氢键数目，这个值可以通过-hbr指定
2. 不对，你没有看完这个hbond.ndx，你看的这个是"donors_hydrogens_A_chain"，是A链的供体-氢，例如第一行1 2 1 3 1 4指的是A链上，1原子可以通过1-2、1-3、1-4作为供体形成氢键（显然这应该是一个-NH3+），你想找的那个A链和B链之间的Donor–Hydrogen–Acceptor在这个ndx最后，应该是[ hbonds_A_chain-B_chain ]部分，你完整读一下这个ndx（你这个可能非常长，你可以随便画两个短肽链稍微模拟一下得到一个比较短的文件看一看）还可以找到记录A链氢键受体的[ acceptors_A_chain ]，记录B链的[donors_hydrogens_B_chain]、[ acceptors_B_chain ]