求助：VMD如何对盒子颜色进行修改

Lisy

请问VMD中如何对盒子颜色进行修改，能把实线改成虚线吗？以及如何把渲染时候原子的轮廓黑边去掉呢

KazusaT

1. pbc box -color <颜色> -width <线宽> -style <类型>，具体各有什么值可以去看看手册
2. 不知道你说的轮廓黑边具体是什么，不过也许你可以通过更换渲染器和渲染参数或者更换材质来解决

sobereva

例如pbc box -color red -width 10 -style dashed：用红色、粗细为10的虚线绘制盒子

主动给出截图体现你所谓的黑边是什么意思，同时说清楚具体怎么渲染的

snljty2

顺便分享一个脚本

1. #! /usr/bin/env tclsh
   
2. 
   
3. proc get_box_vec {} {
   
4.     global a b c alpha beta gamma a_vec b_vec c_vec
   
5.     global pi pi_4 cos_alpha cos_beta cos_gamma sin_gamma
   
6. 
   
7.     if {! [info exist pi  ]} {set pi   [expr 4.*atan2(1.,1.)]}
   
8.     if {! [info exist pi_4]} {set pi_4 [expr    atan2(1.,1.)]}
   
9. 
   
10.     if {! [info exist a]} {set a [molinfo top get a]}
    
11.     if {! [info exist b]} {set b [molinfo top get b]}
    
12.     if {! [info exist c]} {set c [molinfo top get c]}
    
13.     if {! [info exist alpha]} {set alpha [molinfo top get alpha]}
    
14.     if {! [info exist beta ]} {set beta  [molinfo top get beta ]}
    
15.     if {! [info exist gamma]} {set gamma [molinfo top get gamma]}
    
16. 
    
17.     if {! [info exist cos_alpha]} {set cos_alpha [expr cos($alpha/45.*$pi_4)]}
    
18.     if {! [info exist cos_beta ]} {set cos_beta  [expr cos($beta /45.*$pi_4)]}
    
19.     if {! [info exist cos_gamma]} {set cos_gamma [expr cos($gamma/45.*$pi_4)]}
    
20.     if {! [info exist sin_gamma]} {set sin_gamma [expr sin($gamma/45.*$pi_4)]}
    
21. 
    
22.     if {! [info exist a_vec]} {set a_vec [list $a 0. 0.]}
    
23.     if {! [info exist b_vec]} {
    
24.         set b_vec [list [expr $b*$cos_gamma] [expr $b*$sin_gamma] 0.]
    
25.     }
    
26.     if {! [info exist c_vec]} {
    
27.         set c_vec [vecscale [list $cos_beta \
    
28.         [expr ($cos_alpha-$cos_beta*$cos_gamma)/$sin_gamma] \
    
29.         [expr sqrt(1.+2.*$cos_alpha*$cos_beta*$cos_gamma-$cos_alpha**2-$cos_beta**2-$cos_gamma**2)/$sin_gamma]] \
    
30.         $c]
    
31.     }
    
32. 
    
33.     return
    
34. }
    
35. 
    
36. proc move_mol {molid direction {id {top}}} {
    
37.     # molid counts from 1
    
38.     global a_vec b_vec c_vec
    
39. 
    
40.     get_box_vec
    
41. 
    
42.     set sel [atomselect $id "fragment [expr $molid - 1]"]
    
43. 
    
44.     if       {[string compare $direction {+a}] == 0} {
    
45.         $sel moveby $a_vec
    
46.     } elseif {[string compare $direction {-a}] == 0} {
    
47.         $sel moveby [vecinvert $a_vec]
    
48.     } elseif {[string compare $direction {+b}] == 0} {
    
49.         $sel moveby $b_vec
    
50.     } elseif {[string compare $direction {-b}] == 0} {
    
51.         $sel moveby [vecinvert $b_vec]
    
52.     } elseif {[string compare $direction {+c}] == 0} {
    
53.         $sel moveby $c_vec
    
54.     } elseif {[string compare $direction {-c}] == 0} {
    
55.         $sel moveby [vecinvert $c_vec]
    
56.     } else {
    
57.         puts stderr "invalid direction: $direction"
    
58.         return
    
59.     }
    
60. 
    
61.     set tmp {}
    
62.     return
    
63. }
    
64. 
    
65. proc draw_3d_box {{also_draw_arrow 1}} {
    
66.     global a_vec b_vec c_vec
    
67. 
    
68.     get_box_vec
    
69. 
    
70.     set line_width 2
    
71.     set arrow_resolution 25
    
72.     set arrow_width 0.6
    
73.     set arrow_length [expr 1. - .1]
    
74. 
    
75.     draw color red
    
76.     set point_beg [veczero]
    
77.     set point_end [vecadd $point_beg $a_vec]
    
78.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
    
79.     set point_beg [vecadd $point_beg $b_vec]
    
80.     set point_end [vecadd $point_end $b_vec]
    
81.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
    
82.     set point_beg [vecadd $point_beg $c_vec]
    
83.     set point_end [vecadd $point_end $c_vec]
    
84.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
    
85.     set point_beg [vecsub $point_beg $b_vec]
    
86.     set point_end [vecsub $point_end $b_vec]
    
87.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
    
88.     if {$also_draw_arrow} {
    
89.         set point_beg [vecscale $a_vec $arrow_length]
    
90.         set point_end $a_vec
    
91.         draw cone $point_beg $point_end radius $arrow_width resolution $arrow_resolution
    
92.     }
    
93. 
    
94.     draw color green
    
95.     set point_beg [veczero]
    
96.     set point_end [vecadd $point_beg $b_vec]
    
97.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
    
98.     set point_beg [vecadd $point_beg $c_vec]
    
99.     set point_end [vecadd $point_end $c_vec]
    
100.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
     
101.     set point_beg [vecadd $point_beg $a_vec]
     
102.     set point_end [vecadd $point_end $a_vec]
     
103.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
     
104.     set point_beg [vecsub $point_beg $c_vec]
     
105.     set point_end [vecsub $point_end $c_vec]
     
106.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
     
107.     if {$also_draw_arrow} {
     
108.         set point_beg [vecscale $b_vec $arrow_length]
     
109.         set point_end $b_vec
     
110.         draw cone $point_beg $point_end radius $arrow_width resolution $arrow_resolution
     
111.     }
     
112. 
     
113.     draw color blue
     
114.     set point_beg [veczero]
     
115.     set point_end [vecadd $point_beg $c_vec]
     
116.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
     
117.     set point_beg [vecadd $point_beg $a_vec]
     
118.     set point_end [vecadd $point_end $a_vec]
     
119.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
     
120.     set point_beg [vecadd $point_beg $b_vec]
     
121.     set point_end [vecadd $point_end $b_vec]
     
122.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
     
123.     set point_beg [vecsub $point_beg $a_vec]
     
124.     set point_end [vecsub $point_end $a_vec]
     
125.     draw line $point_beg $point_end width $line_width
     
126.     if {$also_draw_arrow} {
     
127.         set point_beg [vecscale $c_vec $arrow_length]
     
128.         set point_end $c_vec
     
129.         draw cone $point_beg $point_end radius $arrow_width resolution $arrow_resolution
     
130.     }
     
131. 
     
132.     draw color black
     
133.     set tmp {}
     
134.     return
     
135. }
     
136. 
     
137. proc draw_box_directions {{point_beg {0 0 0}}} {
     
138.     global cos_alpha cos_beta cos_gamma sin_gamma
     
139.     global a_vec_normed b_vec_normed c_vec_normed
     
140. 
     
141.     set line_length 2.0
     
142.     set line_width 6
     
143.     set axis_width 0.3
     
144.     set arrow_resolution 25
     
145.     set arrow_width 0.6
     
146.     set arrow_length 1.0
     
147. 
     
148.     get_box_vec
     
149. 
     
150.     if {! [info exist a_vec_normed]} {set a_vec_normed [list 1. 0. 0.]}
     
151.     if {! [info exist b_vec_normed]} {set b_vec_normed [list $cos_gamma $sin_gamma 0.]}
     
152.     if {! [info exist c_vec_normed]} {set c_vec_normed [list $cos_beta \
     
153.         [expr ($cos_alpha-$cos_beta*$cos_gamma)/$sin_gamma] \
     
154.         [expr sqrt(1.+2.*$cos_alpha*$cos_beta*$cos_gamma-$cos_alpha**2-$cos_beta**2-$cos_gamma**2)/$sin_gamma]]}
     
155. 
     
156.     draw color red
     
157.     set point_end [vecadd $point_beg [vecscale $a_vec_normed $line_length]]
     
158.     set point_end2 [vecadd $point_beg [vecscale $a_vec_normed [expr $line_length+$arrow_length]]]
     
159.     # draw line $point_beg $point_end width $line_width
     
160.     draw cylinder $point_beg $point_end radius $axis_width filled yes resolution $arrow_resolution
     
161.     draw cone $point_end $point_end2 radius $arrow_width resolution $arrow_resolution
     
162. 
     
163.     draw color green
     
164.     set point_end [vecadd $point_beg [vecscale $b_vec_normed $line_length]]
     
165.     set point_end2 [vecadd $point_beg [vecscale $b_vec_normed [expr $line_length+$arrow_length]]]
     
166.     # draw line $point_beg $point_end width $line_width
     
167.     draw cylinder $point_beg $point_end radius $axis_width filled yes resolution $arrow_resolution
     
168.     draw cone $point_end $point_end2 radius $arrow_width resolution $arrow_resolution
     
169. 
     
170.     draw color blue
     
171.     set point_end [vecadd $point_beg [vecscale $c_vec_normed $line_length]]
     
172.     set point_end2 [vecadd $point_beg [vecscale $c_vec_normed [expr $line_length+$arrow_length]]]
     
173.     # draw line $point_beg $point_end width $line_width
     
174.     draw cylinder $point_beg $point_end radius $axis_width filled yes resolution $arrow_resolution
     
175.     draw cone $point_end $point_end2 radius $arrow_width resolution $arrow_resolution
     
176. 
     
177.     draw color black
     
178.     set tmp {}
     
179. 
     
180.     return
     
181. }
     
182. 
     
183. proc clear_box {} {
     
184.     # draw delete all
     
185.     set nsystems [molinfo top]
     
186.     for {set i 0} {$i <= $nsystems} {incr i} {
     
187.         graphics $i delete all
     
188.     }
     
189.     set tmp {}
     
190.     return
     
191. }
     

复制代码

保存为draw_box.tcl，VMD启动时候用vmd -e draw_box.tcl或者启动后source {/path/to/draw_box.tcl}，然后draw_3d_box 0命令可以画出类似GaussView那种a b c轴方向别用红绿蓝画出的盒子图形。如果要加上三个正方向标志，删掉后面的0。如果要指示出abc三个方向，可以用draw_box_directions命令，后面接{px py pz}更改这个坐标轴出现的位置。clear_box命令清除绘画。

Uus/pMeC6H4-/キ

snljty2 发表于 2025-11-18 08:33
顺便分享一个脚本

保存为draw_box.tcl，VMD启动时候用vmd -e draw_box.tcl或者启动后source {/path/to/d ...

您写的VMD脚本比我在楼主另一帖里写的强多了……想请教几个小问题：
1. 我知道脚本首行的shebang语法可以指定在Linux系统的命令行里直接执行时用的shell/解释器，但对已经集成了tcl解释器的VMD程序，还写第一行#! /usr/bin/env tclsh有什么作用呢？常用的Windows平台VMD 1.9.3官方发行没有内置python解释器，是不是自行编译了VMD添加python解释器支持后，所有VMD脚本都需要shebang指定用tcl或python才能正确识别语言类型？
2. 每个函数结尾set tmp {}和return这两行的作用是什么？
3. move_mol函数里的一大串if-elseif-else比较字符串为何不用tcl原生的switch来写呢？

snljty2

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-11-19 17:15
您写的VMD脚本比我在楼主另一帖里写的强多了……想请教几个小问题：
1. 我知道脚本首行的shebang语法可 ...

没有没有，我这个写的也不太好，是为了配合另一个脚本实现一些目的的...

1. 没有作用，就是强迫症...

1. set mols_seq [list]
   
2. 
   
3. proc new_mol {{molid 1}} {
   
4.     global jobname backbone_indices mol_color_list mols_seq
   
5.     mol new "$jobname"
   
6.     mol modstyle 0 top Licorice 0.2 25 25
   
7.     lappend mols_seq $molid
   
8.     set molid0 [expr $molid - 1]
   
9.     mol modcolor 0 top ColorID [lindex $mol_color_list $molid0]
   
10.     mol modselect 0 top "fragment $molid0 and serial $backbone_indices"
    
11.     return
    
12. }
    
13. 
    
14. proc new_group {} {
    
15.     global jobname backbone_indices mol_color_list
    
16.     clear_box
    
17.     set num_mols [llength $mol_color_list]
    
18.     for {set molid 1} {$molid <= $num_mols} {incr molid} {
    
19.         new_mol $molid
    
20.     }
    
21.     draw_3d_box
    
22.     return
    
23. }
    
24. 
    
25. proc move_sys {sysid direction} {
    
26.     global mols_seq
    
27.     set num_sys [llength $mols_seq]
    
28.     set sysid0 [expr $sysid - 1]
    
29.     set molid [lindex $mols_seq $sysid0]
    
30.     move_mol $molid $direction $sysid0
    
31.     return
    
32. }
    

复制代码

2. return没啥意义，个人习惯。函数里面set tmp {}好像没啥用，但是全局的set tmp {}是为了让上一个变量别打印出来，不然屏幕上多一堆东西不好看。这个脚本写的比较早，那时候我也不是太熟悉，不好意思哈

3. 确实可以，我当时忘了...