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1. 需要手动操作的过程很多，不知道你是哪里出了问题，不过要回答“怎么将挖出的簇弄回去实现模拟”其实你参照sobtop的说明一步一步来就可以
FAQ 7：我希望Sobtop能像MCPB.py那样产生金属蛋白的拓扑信息
做成MCPB.py那样原理上是不可能的，因为GROMACS产生蛋白质拓扑文件是靠pdb2gmx，其逻辑和AMBER的leap程序截然不同。
实际上目前的Sobtop就能对付金属蛋白体系，只不过手动操作较多。比如蛋白质中有个铁硫簇和几个残基结合，那就把铁硫簇以及与之配位的残基抠出来并饱和边缘作为一个簇模型，冻结边缘原子，用量子化学程序做优化和振动分析，参考《要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题》（http://sobereva.com/597）里的讨论。然后对这个簇模型照常用Sobtop产生拓扑文件、计算RESP电荷，其间要求Sobtop完全基于Hessian矩阵获得力常数。然后，用Sobtop对铁硫簇部分产生参数为空的itp文件。之后，用pdb2gmx对纯蛋白质部分产生[ moleculetype ]，将之和铁硫簇部分的[ moleculetype ]都引入主top里，把铁硫簇和配位残基的原子电荷替换为前面计算的，把铁硫簇部分的参数替换为簇模型中铁硫簇部分的。然后在top里加入[ intermolecular_interactions ]字段，这个字段里可以设置跨越不同[ moleculetype ]的bonded项，其中加入[ bonds ]、[ angles ]、[ dihedrals ]字段，在里面手动写入铁硫簇和配体残基两部分之间的bond、angle、dihedral项和之前对簇模型计算的相应的力场参数。注意这里写的原子序号是全局序号，即整个模拟的结构文件里对应的序号。
以上过程手动操作的地方较多，以后笔者可能会写辅助工具，给出个尽量自动化的方案，减少手动操作量。
注意对蛋白pdb2gmx之后要用原来的结构文件和你新得到的拓扑文件，不要用pdb2gmx这一步他给你产生的gro，那肯定是没有你的金属簇信息
2. 如果这个你行不通，可以考虑直接转向MCPB.py，操作会简单一些
3. 还有一个思路，你可以按非标准残基的处理方案，构建一个含有你金属原子的rtp文件，直接pdb2gmx |
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发表于 Post on 2025-11-17 23:41:50
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楼主 Author