关于过渡态确认的问题

zblxyrz · 发表于 Post on 2017-4-26 19:25:10

我在阅读Dmol3的手册关于 TS confirm的内容时，有这么一段：

也就是说通过TS search能够搜到R点，TS点和P点，然后通过TS confirm（NEB方法）能够搜索到M2，M1等点。

可是M2的能量明显低于R点，而R点应该是事先经过结构优化的局部能量极小值点，如果真的存在M2点，为何在优化时没有直接获得M2呢？

实际上我在用该方法做我自己的计算所得的结果也是这样：

请问这样存在的M1低于IS合理么？

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-4-26 22:33:02

如果真的存在M2点，为何在优化时没有直接获得M2呢？

优化结构过程找的是局域的极小点。如果你的初始结构更偏向于IS而非M2，有可能结构就朝着IS的方向去；另一种就是收敛标准不足够高或者优化算法不可靠导致IS结构优化到了某个驻点。

请问这样存在的M1低于IS合理么？

如果IS、M1、M2不是收敛标准导致的差异或者说这三个结构确实对应着三个稳定的构型，那么这样的情形应当在这些稳定的构型之间再建立轨迹进行过渡态搜索，如果这些结构之间还存在过渡态的话。

zyj19831206 · 发表于 Post on 2017-4-27 07:27:03

本帖最后由 zyj19831206 于 2017-4-27 07:30 编辑

请问你在搜索过渡态的时候，如果固定骨架会出现很多虚频，你是怎么处理的？我最近也是在困惑于很多文献中直接给出过渡态，但是当我搜索的时候，dmol3会出现很多虚频，不知道你是怎么处理这些虚频的呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-30 19:36:02

zyj19831206 发表于 2017-4-27 07:27
请问你在搜索过渡态的时候，如果固定骨架会出现很多虚频，你是怎么处理的？我最近也是在困惑于很多文献中直 ...

如果没有对原子进行固定，就出现了虚频，把收敛限设严、增加积分格点精度再试
如果是固定了某些原子导致的虚频，这很正常，限制性优化往往和极小点偏离明显。如果虚频是与感兴趣的区域无关的，那么可以忽略，否则说明当前对原子的固定可能导致研究的结果不可靠

zyj19831206 · 发表于 Post on 2017-5-1 17:44:59

sobereva 发表于 2017-4-30 19:36
如果没有对原子进行固定，就出现了虚频，把收敛限设严、增加积分格点精度再试
如果是固定了某些原子导 ...

收到，多谢社长的回答。

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