求助MD退火模拟，温度没有按照设定降低

zhijiu

各位老师好，我最近在在跑一个核酸体系的MD模拟，我先跑完了293.15K的常规的预平衡，然后准备跑退火MD，下面是我的退火的mdp，我是想把体系的温度梯度下降，在每个温度都跑一段MD。然后我发现，我的体系没办法按照我的设定温度下降，按照我的设定，体系跑完应该是在274.15K，但我把体系温度提出来，还是在288K，后面我粘贴上我的温度图。之前看相关帖子，说用退火后，ref_K就没用了，但是如果不进行设定的话，生成tpr会报错，必须设定。请问是我哪里设定有问题吗？
title        = amber99sb-ildn MD
; Run parameters
integrator    = md        ; leap-frog integrator
nsteps        = 30000000    ; 2 * 1000000000 = 2000000 ps, 2000 ns
dt        = 0.002        ; 2 fs
; Output control
nstxout        = 2000        ; save coordinates every 2 ps
nstvout        = 1000        ; save velocities every 2 ps
nstxtcout    = 1000        ; xtc compressed trajectory output every 2 ps
nstenergy    = 100        ; save energies every 2 ps
nstlog        = 1000        ; update log file every 2 ps
; Bond parameters
continuation    = yes        ; Restarting after NPT
constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints
constraints    = hbonds    ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter    = 1        ; accuracy of LINCS
lincs_order    = 4        ; also related to accuracy
; Neighborsearching
ns_type        = grid        ; search neighboring grid cells
nstlist        = 5        ; 10 fs
rlist        = 1.0        ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
rcoulomb    = 1.0        ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw        = 1.0        ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype    = PME        ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order    = 4        ; cubic interpolation
fourierspacing    = 0.16        ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl        = V-rescale    ; Nose-Hoover extended ensemble
tc-grps        = non-Water SOL      ; two coupling groups - more accurate
tau_t        = 0.2   0.2     ; time constant, in ps
ref_t        = 293.15 293.15 ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is on
pcoupl        = berendsen    ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype    = isotropic    ; uniform scaling of box vectors
tau_p        = 2.0        ; time constant, in ps
ref_p        = 1.0        ; reference pressure, in bar
refcoord-scaling = all;
compressibility = 4.5e-5    ; isothermal compressibility of water, bar^-1
; Periodic boundary conditions
pbc        = xyz        ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr    = EnerPres    ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel        = no        ; Velocity generation is off

annealing =single single      ; 单次退火
annealing-npoints=5 5  ; 几个时间点
annealing-time= 0  15000   152000   302000  304000  0  15000   152000   302000  304000;  时间点
annealing-temp=293.15  293.15  283.15  283.15 273.15 293.15  293.15  283.15  283.15 274.15;  时间节点上的温度

Dempey

你的模拟时间是60ns，而你设置的退火的时间分别是0 15ns 152ns 302ns 304ns，所以降温不明显。你可以设置成：

1. annealing-npoints= 3 3

复制代码

zhijiu

我看到了，谢谢老师。发现我时间给的有问题，我以为我设定的0 15ns 15.2ns 30ns。。。