尝试复现文章化合物2的ECD谱并与实验ECD谱吻合，然而偏差过大

AxiEJohn · 发表于 Post on 2025-11-24 12:54:48

如题，本人第一次尝试计算ECD谱。尝试复现文章

1.来自 Alpinia oxyphylla Miq 果实的倍半萜类化合物及其神经保护作用.pdf (4.08 MB, 下载次数 Times of downloads: 9) ()化合物2的ECD谱并与实验ECD谱吻合，然而偏差过大
文中化合物图片：

本人于是画了一个一样的结构

cmbno2.xyz (2.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
随后跟着社长帖子“[url=使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 16255&fromuid=64457 (出处: 计算化学公社)]使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索[/url]”使用化合物2走完了4步（考虑了溶剂为甲醇）得到玻尔兹曼分布概率

# 1 Count: 2 Ratio: 50.28%
# 2 Count: 1 Ratio: 35.00%
# 3 Count: 2 Ratio: 14.43%
# 4 Count: 1 Ratio: 0.29%

复制代码

conf1.xyz (2.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

conf2.xyz (2.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

conf3.xyz (2.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

随后用! RSX-QIDH def2-TZVP def2/J def2-TZVP/C RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint，70个激发态，

conf1.inp (1.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

conf2.inp (2.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

conf3.inp (2.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) 对三个构像分别做TDDFT，并根据社长的“使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱”绘制构像平均ECD光谱，结果差强人意。
文章中的ECD:

本人计算的ECD：

感觉完全对不上。希望各位老师花费您们的宝贵时间，不吝赐教，谢谢。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-11-24 15:52:07

本帖最后由 wzkchem5 于 2025-11-24 15:53 编辑

文献的理论级别、所用软件、初始构象和你有哪些区别？

AxiEJohn · 发表于 Post on 2025-11-24 21:02:25

wzkchem5 发表于 2025-11-24 15:52
文献的理论级别、所用软件、初始构象和你有哪些区别？

谢谢您能抽出宝贵时间指点一二。
1.文献的理论级别、所用软件均无说明
2.初始构象和你的建模粗看都一样，在您提醒下细看可见二面角差距挺大，谢谢您，我试试完全一样的构像是否能解决（不知道是不是我构像搜索不够）。
十分感谢

SharkYYX2025 · 发表于 Post on 2025-11-24 22:12:35

如果这文献都没说计算细节，而且这个期刊看起来不是非常顶刊的级别（不了解这个方向，说错了请指正），计算不一定靠谱。没准你算的对，文献不对。没有细节，很难参考他的结果来对比。我觉得可信度令人怀疑，文献看起来算的不太专业
很多实验为主的文献，计算都有问题，包括一些顶刊。复现不了，很难说是谁的原因。

AxiEJohn · 发表于 Post on 2025-11-24 23:18:11

SharkYYX2025 发表于 2025-11-24 22:12
如果这文献都没说计算细节，而且这个期刊看起来不是非常顶刊的级别（不了解这个方向，说错了请指正），计算 ...

学到了，谢谢您抽空为我解惑。我也觉得奇怪，既然是利用计算确定绝对构型，为啥关键的计算部分不放出来呢，和您说的一样可信度令人怀疑。

SharkYYX2025 · 发表于 Post on 2025-11-25 14:51:06

AxiEJohn 发表于 2025-11-24 23:18
学到了，谢谢您抽空为我解惑。我也觉得奇怪，既然是利用计算确定绝对构型，为啥关键的计算部分不放出来呢 ...

第一种可能是，计算是外包的，找的带蒜或者计算组的学生合作。有可能别人压根没给计算细节。做实验的人不了解计算，不知道需要描述计算软件、方法和级别。他们想象不出自己没见过的东西。我们看来匪夷所思，但只是因为这是计算化学公社，信息茧房（中性描述，非贬义）同类相吸圈地自萌，那在这遇到的大多数是懂计算的。现实中圈外人不懂计算，胡乱展示不合逻辑的数据，也不稀奇了。
第二种可能是，作者略懂计算，发现算的不严谨就不敢展示细节，心虚。或者故意优化数据来对上实验结果。
第三种可能是，实验方法部分太多，忙着描述有机合成然后忘了写计算细节。作者是马大哈，粗枝大叶。
总之任何一种可能，都让人怀疑这文章可信度欠佳。文献不可尽信

AxiEJohn · 发表于 Post on 2025-11-25 18:02:20

SharkYYX2025 发表于 2025-11-25 14:51
第一种可能是，计算是外包的，找的带蒜或者计算组的学生合作。有可能别人压根没给计算细节。做实验的人不 ...

明白了，谢谢您的答复，我再看看其他文章试试

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[综合交流] 尝试复现文章化合物2的ECD谱并与实验ECD谱吻合，然而偏差过大

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