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[ORCA] 用orca_2mkl处理omol25数据库中的gbw文件出现问题

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本帖最后由 dfghjk 于 2025-11-26 10:49 编辑

最近刚接触orca,想要用orca_2mkl处理omol25数据库中数据的gbw文件(geom_orca6的geom_100004943_0_1,图上的是low_spin_23的),然后就报错gbw文件的版本太旧了。今天试了orca6.1.0和5.0.1,都不可以。然后用6.1.0,在inp文件开头加了一行!RESCUE!,再跑了一遍,后续可以用orca_2mkl转换成modern文件。没放到服务器上跑,重跑一个用了27分钟,但是下载的数据有十万多,全部重跑不太现实,也还没确定是不是每个都这样。请问一下有什么解决办法吗?

202511252147256689..png (37.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202511252147256689..png

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发表于 Post on 2025-11-25 22:08:55 | 只看该作者 Only view this author
是从https://huggingface.co/facebook/OMol25/tree/main下载的数据集文件么?分享ORCA的.gbw文件就和分享Gaussian的.chk文件一样离谱,毕竟.gbw是ORCA私有二进制文件且不同版本对应不同格式,开发者在论坛表示过表示不希望用户乱碰.gbw文件,而应当用新版ORCA的json接口来导出导入波函数信息。
https://orcaforum.kofo.mpg.de/vi ... &hilit=gbw+json
https://orcaforum.kofo.mpg.de/vi ... &hilit=gbw+json
这么大的问题或许联系原文作者是最合适的,看论坛里有没有关系硬的大佬去沟通了……

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发表于 Post on 2025-11-26 06:34:54 | 只看该作者 Only view this author
那叫molden文件不叫modern文件
这种事直接问数据库的维护者问用的是ORCA什么版本,或者找发表这个数据库的原文(包括补充材料)看是什么版本算的,没必要自己折腾。非要自己鼓捣,就把ORCA从4开始到目前最新版本每一个小版本都凑齐了挨个试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-26 10:53:18 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-11-25 22:08
是从https://huggingface.co/facebook/OMol25/tree/main下载的数据集文件么?分享ORCA的.gbw文件就和分享Ga ...

谢谢,sob老师下面也说了去文章里找一找orca的版本,提到用的是6.0.0,我昨天用的6.1.0。再就是之前邮件联系数据库的负责人,给的我一个globus的链接,这个里面的内容和hugging face都是一样的吗

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傻傻的木瓜

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发表于 Post on 2025-11-26 11:53:46 | 只看该作者 Only view this author
dfghjk 发表于 2025-11-26 10:53
谢谢,sob老师下面也说了去文章里找一找orca的版本,提到用的是6.0.0,我昨天用的6.1.0。再就是之前邮件 ...

这个链接是私密的不允许公开的吗?我看globus需要注册订阅才能访问,不像zenodo啊figshare啊github之类的开放下载,那我自然没法知道你看到的文件是什么样了。在hugging face放的应该是ai模型的检查点,不是训练集本身,我看错了。

话说下载该数据集是打算训练新的大模型么,这个数据规模哪怕是能顺利读取波函数文件也会花不少时间吧
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发表于 Post on 2025-11-26 14:48:40 | 只看该作者 Only view this author
完全没有必要重跑。搞清楚/问清楚对方使用具体哪一个ORCA版本做的计算,自己用对应版本的orca_2mkl就行了。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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