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[新手求助] 长链烷烃取代菲啰啉分子,烷烃取代基构象只能选择zig-zag型吗

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图1是辛基取代菲啰啉的构象,结构优化是在正辛醇的隐式模型下进行的,请问各位老师:
1. 这个辛基取代基的分子链可以考虑图1所示的折叠构象吗?
2. 一般多长的烷烃链才会考虑链的折叠构象呢?



Fig1.jpg (145.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图1

图1

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发表于 Post on 2025-11-26 17:26:49 | 只看该作者 Only view this author
这种问题靠构象搜索确定,不要靠猜。参见https://www.koushare.com/live/details/48291
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-11-27 03:49:08 | 只看该作者 Only view this author
这是最典型的需要做构象搜索的情况
推荐用Molclus,看:
构型和构象搜索程序Molclus主页:http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html


鉴于可旋转的键不多,需要考虑的只有7个,优先推荐用gentor+molclus的构象搜索方式。用confab+molclus亦可
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-27 11:34:53 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-11-26 17:26
这种问题靠构象搜索确定,不要靠猜。参见https://www.koushare.com/live/details/48291

好的,谢谢王老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-27 11:35:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-27 03:49
这是最典型的需要做构象搜索的情况
推荐用Molclus,看:
构型和构象搜索程序Molclus主页:http://www.kei ...

明白了,谢谢卢老师

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