关于计算配体RESP电荷的一点小问题

woxun

大家好，作为计算菜鸟一枚，我有一个小问题想请教一下各位大师。
情况如下：我的目的蛋白酶受体A（有一个辅酶FAD），我现在的目的是拿一个目标化合物B疯狂对接到各个物种的A蛋白上，同时还有一些突变型，假设有20个A蛋白吧，这个化合物B都是同一个化合物。因为分子对接嘛，化合物B会在口袋里面疯狂走位，每个原子的笛卡尔坐标肯定不一样。我想问的是，后面再做分子动力学的时候，是每个复合物的B都要提取出来计算RESP电荷，还是只需要计算一次就可以了，FAD这种辅酶用amber自带的AM1-BCC应该就够了吧，也需要计算RESP嘛？

sobereva

看下文文末关于配体算RESP电荷时的构象的讨论
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

FAD没理由不用RESP电荷，本来Multiwfn算RESP电荷又快又非常方便，用脚本都是傻瓜式计算：
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

student0618

有PO的分子Amber自动调用sqm算AM1-BCC很易出现问题，例如优化时有氢跑到PO那边，自动给出的电荷就会有问题。还不如用Multiwfn算。