求助LiTFSI阴阳离子作为整体插入之后，结构文件和拓扑文件的对应问题

shiyuanfan

sobtop教程中提到，构建模型中阴阳离子作为一个整体插入。我把LiTFSI作为一个整体插入到盒子中，构建结构文件，而拓扑文件我是按照TFSI-阴离子和Li离子分开的[moleculetype]构建的，如下图和附件所示。但是我有几个问题想请问一下老师。

1. LiTFSI整体的mol2文件在vmd中可以显示Li，但是转化成gro文件，Li在vmd中就没有显示了，请问这是vmd显示格式的问题，还是我的结构文件存在问题；
2. 在将LiTFSI整体插入到盒子构建模拟的gro文件之后，是不是需要把每个残基中的Li的坐标都提取出来，全部移到LITFSI的坐标信息之后，确保与top文件中[moleculetype]的顺序相一致。但这种方法我感觉太麻烦了，请问老师有更简洁的方法将阴阳离子作为整体插入到盒子中，同时保持与top文件的[moleculetype]相对应吗。

pal

首先Li是在的，把Drawing Method改成CPK就能看到了
把Li全挪到最下面，有一个方案就是:%s/MOL   Li/Li    Li/g把Li的第一列修改，然后通过grep "MOL"和grep "Li"重新排列

shiyuanfan

pal 发表于 2025-11-28 15:13
首先Li是在的，把Drawing Method改成CPK就能看到了
把Li全挪到最下面，有一个方案就是:%s/MOL   Li/Li     ...

收到，非常感谢