求助算十二胺在锂云母层表面的吸附，能量最小化后固体层结构改变、有机分子插入内部

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想要研究十二胺（CH₃(CH₂)₁₁NH₂）在锂云母层表面的吸附行为。在模拟中，十二胺采用GAFF力场，锂云母层采用CLAYFF力场。然而，在体系能量最小化后，发现锂云母层结构失稳，且十二胺分子插入了矿物层内部。

恳请各位老师指教，出现这一现象可能的原因有哪些，以及应如何调整优化？同时附上十二胺与锂云母的拓扑文件，烦请各位老师帮忙审阅其中是否存在问题。

student0618

看上去有个分子跨pbc了没处理就直接扩胞，固体夹在同一分子的两个片段中间了。优化时当然会跑回去变完整分子。先确保分子完整地方在盒内。

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student0618 发表于 2025-12-2 19:43
看上去有个分子跨pbc了没处理就直接扩胞，固体夹在同一分子的两个片段中间了。优化时当然会跑回去变完整分 ...

非常感谢您的指点，这确实是问题所在。但是在优化过程中，我发现尽管对固体层添加位置限制，能量最小化之后结构仍然不能很好的维持，会出现某些原子翻转的情况，想请教您有遇到过类似的情况嘛，有没有解决的方向呢？再次感谢您的指导！