求助蛋白-配体-DNA三元组对接

mangmw · 发表于 Post on 2025-12-4 18:04:06

本帖最后由 mangmw 于 2025-12-5 10:14 编辑

各位老师好，我做了蛋白二聚体与两个小分子之间的对接，得到复合物1（小分子在蛋白二聚体的对称位置）。下一步需要用对接后的复合物1结构与一条DNA链做对接，这种情况应该怎么操作呢，尝试用hdock和haddock3等工具，都不接受蛋白pdb文件中自带配体，有其他方式可以做这样的对接吗

或者是否可以以蛋白与dna对接（这种软件很好找），然后再与之前蛋白-配体对接后的配体坐标进行合并，这样得到蛋白-配体-dna复合物以后，再去对这个复合物的结合模式进行评分？如果可以的话那这种可以给复合物评分的软件是否有推荐呢

student0618 · 发表于 Post on 2025-12-4 21:52:30

试试AlphaFold 3 或 boltz-2。

mangmw · 发表于 Post on 2025-12-5 10:13:46

student0618 发表于 2025-12-4 21:52
试试AlphaFold 3 或 boltz-2。

谢谢！据我所知af3需要序列作为输入，但是我希望以已经对接好的蛋白-配体结构作为输入，是这个复合物与dna进行对接。（不知道boltz-2是不是一样的情况）

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