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[综合交流] 求助 想替换掉环状DNA中心通道中的金属离子 如何替换才是正确操作

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楼主
本帖最后由 新人计算 于 2025-12-4 19:35 编辑

想把结构中的位于环状DNA通道中心的金属离子换成其它金属离子来做动力学模拟 读了一些文献也没有具体提及该如何替换 自己尝试了一些操作感觉替换的方式都不准确,希望各位老师能够提供一下解决的思路或建议,谢谢
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6w9p.pdb

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发表于 Post on 2025-12-4 19:47:50 | 只看该作者 Only view this author
文本编辑器打开pdb,找金属离子那一行,改原子名,储存。

实际MD还要看具体程序及离子是什么,选用力场有没有参数等。不能一概而论。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-4 20:07:07 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-12-4 19:47
文本编辑器打开pdb,找金属离子那一行,改原子名,储存。

实际MD还要看具体程序及离子是什么,选用力场 ...

谢谢您的解答 我使用的程序是gromacs 具体离子是把通道中心的K离子替换成别的一价金属离子类似于NA、LI  使用的是charmm36.ff这个立场 其实编辑pdb这个方法我也尝试过 在编辑完金属离子名称后对于pdb当中的ANISOU的参数还存在疑问 我不知道是保留还是删除

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发表于 Post on 2025-12-5 12:04:28 | 只看该作者 Only view this author
新人计算 发表于 2025-12-4 20:07
谢谢您的解答 我使用的程序是gromacs 具体离子是把通道中心的K离子替换成别的一价金属离子类似于NA、LI   ...

ANISOU对pdb2gmx产生的拓扑文件没任何影响,跟你完全没关系
并且推荐改用描述DNA最理想的AMBER力场(结合OL21或OL24参数)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-5 15:48:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-5 12:04
ANISOU对pdb2gmx产生的拓扑文件没任何影响,跟你完全没关系
并且推荐改用描述DNA最理想的AMBER力场(结 ...

好的 非常感谢老师的解答

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