ORCA6.1对内酯环断裂后的结构进行优化时，总是会再连上内酯环，这个该怎么解决？

wenbo6558 · 发表于 Post on 2025-12-5 14:37:27

本帖最后由 wenbo6558 于 2025-12-5 15:08 编辑

各位老师好，我想对绿色素内酯环开环后的结构进行优化，但是优化过程中，总是会再给内酯环连上。这个问题该怎么解决？

我进行优化的结构是羧基那块不加氢离子（这是我最想要的结构）。其它跟图画圈的一样。
（我看文献后的理解是，羧基那块失去氢离子带负电，链接两个甲基的N是带正电，所以电荷的部分是0。）

文献里我找到的结构，有的是加上氢离子，有的是没加氢离子，都能优化出来。下面是文献中的两个物质的开环结构。

.inp文件是这样的

orca_lv-1.inp (4.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2025-12-5 14:53:31

如果那个螺环处发生碳氧键的异裂的话，得到的是氧负和碳正离子。氧负得到质子，得到你所画的羧酸，但碳正离子需要一个氢负离子才能得到右边的结构。你的反应体系中，哪个试剂可以提供氢负离子呢？你至少应该先把这个表述清楚。

wenbo6558 · 发表于 Post on 2025-12-5 15:29:50

Daniel_Arndt 发表于 2025-12-5 14:53
如果那个螺环处发生碳氧键的异裂的话，得到的是氧负和碳正离子。氧负得到质子，得到你所画的羧酸，但碳正离 ...

老师，我检查了一下，应该是我结构画错了，重新更新了一下。C正离子那块开环后形成了双键，然后最终导致N带正电。
不过，我是参考同类物质的变化，画出的开环结构。那如果我想验证这个结构是不是对的，是不是只能通过过渡态搜索，IRC这些来验证一下？或者有什么其它方法吗？
谢谢老师解答。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-12-5 21:32:33

并不是所有的这种内酯结构，都有不加氢离子的开环结构。文献的分子的电子效应、分子平面性等和你不一样，文献分子存在开环结构不代表你的分子存在

wenbo6558 · 发表于 Post on 2025-12-5 21:54:02

wzkchem5 发表于 2025-12-5 21:32
并不是所有的这种内酯结构，都有不加氢离子的开环结构。文献的分子的电子效应、分子平面性等和你不一样，文 ...

好的，谢谢老师。那如果我想找到这个正确的结构，可以通过什么办法实现？（如果我在文献中找不到跟我这个物质一样的话）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-12-6 10:22:57

wenbo6558 发表于 2025-12-5 21:54
好的，谢谢老师。那如果我想找到这个正确的结构，可以通过什么办法实现？（如果我在文献中找不到跟我这个 ...

我已经说过了，你要找的结构未必存在。不是所有你能用chemdraw画出来的结构，计算上都存在，如果不存在，那么无论如何找都找不到，找到了反倒是错的

wenbo6558 · 发表于 Post on 2025-12-9 13:56:52

wzkchem5 发表于 2025-12-6 10:22
我已经说过了，你要找的结构未必存在。不是所有你能用chemdraw画出来的结构，计算上都存在，如果不存在， ...

明白了，谢谢老师

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