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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 乙醇溶液模拟的问题
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[Amber] 乙醇溶液模拟的问题

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kjxwl3

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楼主
发表于 Post on 2017-4-30 00:17:11 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
各位amber大神：
     我做了一个乙醇溶液的模拟，有600个乙醇分子。我采用gaff的力场，bcc的电荷。md.in和tleap.in以及力场的mol2文件都在附件中。
     最终的轨迹非常奇怪，总是会有几个H跑开了，而且键也会乱连。我的md的参数设置是不是有问题？还是力场的问题？
     谢谢各位大神！

methol.pdb

427.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 21

md_out.mdcrd

5.26 MB, 下载次数 Times of downloads: 5

methol.prmtop

1.51 MB, 下载次数 Times of downloads: 7

tleap.in

150 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2

md.in

246 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4

methol.mol2

1.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 5
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