纯CPU做电解质溶液分子动力学，CP2K 和 GROMACS 哪个更合适？

MVK

各位老师好，我最近有一个关于电解质溶液的小课题，需要进行分子动力学模拟，但本人完全是 MD 小白，目前在选择软件方面有些困惑，想向大家请教。

我们课题组的服务器目前 没有 GPU 节点，只能使用纯 CPU 进行计算。在这种计算资源条件下，如果我要进行电解质溶液体系的分子动力学模拟，CP2K 和 GROMACS 哪个更合适？

初步了解下来感觉两者侧重点不同：

• GROMACS 对经典力场 MD 十分高效，但更适合 GPU 加速；
• CP2K 可以做从头算/DFT 级别的 AIMD，也可以做经典力场，但听说对 CPU 资源需求更高。
  
  

在纯 CPU 环境下，如果只是做常规规模的电解质溶液（非从头计算），不知道大家更推荐哪套软件？或者是否有其他适合 CPU 环境的 MD 软件也可以考虑？

sobereva

GROMACS最适合。这么小的体系纯CPU跑也足够快了

CP2K跑AIMD适合的情况是：
想要比力场更高精度，或者检验力场的结果的合理性
没有合适力场的情况
涉及到成键断键

你的情况不属于以上任何一种。sobtop产生GAFF力场的拓扑文件结合RESP2(0.5)电荷，结合常用的SPC/E水模型，就可以跑得很好