求助：使用amber进行最小化的时候配体中原子重叠该怎么解决

柚子猫拿铁 · 发表于 Post on 2025-12-7 16:52:00

本帖最后由柚子猫拿铁于 2025-12-7 16:52 编辑

用alphafold预测的蛋白结构进行分子模拟的时候，用ff19SB力场和gaff力场分别描述之后得到拓扑文件和坐标文件，初始结构当中的配体的各个原子都是没有重叠的，但是在进行最小化的时候总是会遇见原子重叠的问题，请问该怎么解决啊

enthalpy · 发表于 Post on 2025-12-7 19:23:05

本帖最后由 enthalpy 于 2025-12-8 11:17 编辑

（1）如果我没看错的化，该小分子应该是NADPH，该分子的力场参数文献上应该可以查到（2）你这应该是NADPH力场参数不对造成。你检查一下腺苷酸部分磷酸基团的参数吧

student0618 · 发表于 Post on 2025-12-7 23:17:13

Physiological pH 时PO上没氢的

18217265596 · 发表于 Post on 2025-12-9 14:09:00

你这初始结构看着就不大对。

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[Amber] 求助：使用amber进行最小化的时候配体中原子重叠该怎么解决