计算羟肟酸和二价铁离子/镁离子螯合，两者结合能规律不对

姑妈鱼丝

这分别是羟肟酸与Fe2+/Mg2+离子螯合的分子构型，Mg的自旋多重度设置的1，Fe的自旋多重度是5


这是我的计算gjf文件
算出来药剂与镁离子结合能比二价铁离子大不少 然后看了很多帖子 有老师说要六配位金属要增加显式模型，因此加了水的配体如下
  
然后通过单点能计算结合能还是不对 这是单点能文件的关键词

听同门说二价铁离子和羟肟酸和结合能力比镁离子更大一点，但是计算结果一直相反 因此很苦恼 基组泛函都换了个遍 隐式显式模型都做了 自旋多重度都是文献上给出的 没招了各位老师

18217265596

铁离子是3d3 为什么会有多重度=5

姑妈鱼丝

谢谢老师回复

姑妈鱼丝

18217265596 发表于 2025-12-10 15:57
铁离子是3d3 为什么会有多重度=5

我当时是这样想的老师 我在一篇文献看的说铁离子的最高自旋是5 所以我就设置的2 5 然后整个药剂-金属配合物（药剂是-1 1）的电荷自旋是 1 5

姑妈鱼丝

18217265596 发表于 2025-12-10 15:57
铁离子是3d3 为什么会有多重度=5

哦对了老师 这里算的是二价铁离子

18217265596

姑妈鱼丝 发表于 2025-12-10 16:13
哦对了老师 这里算的是二价铁离子

首先考虑给氧加弥散，泛函换双杂化看看是不是精度问题
不是精度问题的话你去问问你同学他的结论哪来的 靠什么实验的什么数据

姑妈鱼丝

18217265596 发表于 2025-12-10 16:47
首先考虑给氧加弥散，泛函换双杂化看看是不是精度问题
不是精度问题的话你去问问你同学他的结论哪来的  ...

好的好的 非常感谢 老师对我这个体系有推荐的双杂化泛函吗

18217265596

姑妈鱼丝 发表于 2025-12-10 16:54
好的好的 非常感谢 老师对我这个体系有推荐的双杂化泛函吗

参考泛函推荐博文。
实际上你这种只计算和酸根的 完全可以只保留2~3个亚甲基然后上ccsd（t）
精度包高的

姑妈鱼丝

18217265596 发表于 2025-12-11 13:52
参考泛函推荐博文。
实际上你这种只计算和酸根的 完全可以只保留2~3个亚甲基然后上ccsd（t）
精度包高 ...

谢谢老师答疑 其实我想研究8C～18C 不同长度碳链之间的规律来着

Satoru

只是确认一下，加显式水之后做几何优化了吗？

除了考虑泛函之外，考虑做构象搜索

姑妈鱼丝

Satoru 发表于 2025-12-11 16:28
只是确认一下，加显式水之后做几何优化了吗？

除了考虑泛函之外，考虑做构象搜索

对整体进行了几何优化（配体-金属-水模型） 没有单独的对金属和水模型进行优化 好的谢谢老师

Uus/pMeC6H4-/キ

姑妈鱼丝 发表于 2025-12-12 10:11
对整体进行了几何优化（配体-金属-水模型） 没有单独的对金属和水模型进行优化 好的谢谢老师

难道你是只看“优化后整体的能量”这一个数值来确定结合能大小？化学组成都不一样的体系根本没法比较绝对能量，这样无法得到有意义的结论。

请先仔细阅读社长的文章http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html，然后看我在7楼的回复。达到比较的目的应当计算配体交换反应[M(H2O)6]2+(aq) + [RCONHO]-(aq) → [M(H2O)4(RCONHO)]+(aq) + 2H2O(aq)的自由能变，也就是要涉及至少四个结构的几何优化振动分析与单点能计算。RCONHO-是羟肟酸去质子的阴离子，末端长烷基链对反应的影响得靠构象搜索及加权平均才能体现出来（参考http://bbs.keinsci.com/thread-56962-1-1.html）。另外，如果有实验测定的配体交换能数据，必须考虑溶液pH对羟肟酸质子化状态的影响、长烷基链对羟肟酸水溶性的影响，因为二者都会改变有效浓度进而改变自由能变。

编辑：二价铁分明有6个d电子，按八面体配位的晶体场理论，高自旋状态的自旋多重度的确应当是5-1+1=5，不知道楼上是怎么说得出“铁离子是3d3”这种话的。

姑妈鱼丝

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-12 11:11
难道你是只看“优化后整体的能量”这一个数值来确定结合能大小？化学组成都不一样的体系根本没法比较绝对 ...

老师真是太厉害 我仔细看了一下 受益匪浅 感觉要重新考虑计算流程和方法了