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[GROMACS] 大型聚合物体系无法生成合理结构

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本帖最后由 wanzongliang 于 2025-12-12 09:07 编辑

想请教各位老师关于聚合物使用gromacs跑动力学的有关问题,我的聚合物单体通过两端连接的方式进行组合,因为无法直接构建所以选择了手动连接,以图片形式给出,我clean之后使用sobtop生成力场,但因为有不合理结构的原因体系会直接崩掉,想请教各位老师有没有什么好的方法解决这种问题,或者有什么方法可以优化这种大分子结构的(原子数为1883)

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pb_OH.gro

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发表于 Post on 2025-12-11 17:44:25 | 只看该作者 Only view this author
不要用gview的clean,那极其粗糙,至少也用MMFF94哪怕UFF力场做优化
说具体sobtop怎么用的

有不合理结构的原因” 不要擅自下定论,拿出判断的证据。拓扑文件有问题的概率大得多
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-11 20:30:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-11 17:44
不要用gview的clean,那极其粗糙,至少也用MMFF94哪怕UFF力场做优化
说具体sobtop怎么用的

您好sob老师,我是使用MS建立的模型,得到的结构如图片所示其中苯环也发生了一定程度的扭曲,所以我判断结构合理性有一定的问题,我是将这样一条链使用sobtop给的例5去生成的itp,top以及gro文件,其中电荷使用mmff94计算的。希望可以得到进一步指导

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发表于 Post on 2025-12-11 21:20:44 | 只看该作者 Only view this author
你说的崩掉是指中间酯基的部分没有连起来吗?
如果是的,那么问题就在于经典分子动力学模拟中的化学键是不会断裂的,所以社长的意思是在你的拓扑文件中,描述中间用来交联的那部分可能有问题,比如相应的连接点间没有成键,所以才会导致你跑MD的时候结构散架。你最好把你生成的文件贴上来这样其他人才好做进一步判断。如果涉及个人科研成果,那可以更加详细的描述一下你生成拓扑文件的全过程。

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发表于 Post on 2025-12-11 22:27:04 | 只看该作者 Only view this author
wanzongliang 发表于 2025-12-11 20:30
您好sob老师,我是使用MS建立的模型,得到的结构如图片所示其中苯环也发生了一定程度的扭曲,所以我判断 ...
我是使用MS建立的模型,得到的结构如图片所示其中苯环也发生了一定程度的扭曲

指代不确切。是M$建的模型本来就有苯的六元环的明显扭曲,还是gromacs做能量极小化之后才出现的扭曲,需要交代清楚
记得给sobtop提供的mol2文件里必须连接关系正确
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-12 08:33:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-11 22:27
指代不确切。是M$建的模型本来就有苯的六元环的明显扭曲,还是gromacs做能量极小化之后才出现的扭曲, ...

sob老师您好,因为我的聚合物无法通过ms的聚合物生成程序直接生成的(因为每个单元有两个连接位点),所以我是手动连接,这样不可避免出现不合理键连的情况,于是我是用MS的clear之后单元出现了扭曲,我思考mol2会根据MS的键连关系来建立文件,想的是生成itp后跑动力学使构型变得更加合理,但可能因为MSclear之后的构型实在太差了,能量最小化算一步之后出现了无穷力,不知道后续步骤该如何进行

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-12 08:37:43 | 只看该作者 Only view this author
wanzongliang 发表于 2025-12-11 20:30
您好sob老师,我是使用MS建立的模型,得到的结构如图片所示其中苯环也发生了一定程度的扭曲,所以我判断 ...

您好,我上传了我的gro文件,请您参考,因为itp文件太大了无法上传,我的gro文件从vmd观察键连关系很差,我的希望是寄于mol2的键连关系来实现我想要的itp后续通过模拟来使结构规范

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发表于 Post on 2025-12-13 04:09:10 | 只看该作者 Only view this author
wanzongliang 发表于 2025-12-12 08:33
sob老师您好,因为我的聚合物无法通过ms的聚合物生成程序直接生成的(因为每个单元有两个连接位点),所 ...

确保gview里看到的连接关系正确的情况下,用Gaussian通过UFF力场做优化。或者gview保存出mol2文件,用openbabel或avogadro在力场下做优化
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-13 16:56:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-13 04:09
确保gview里看到的连接关系正确的情况下,用Gaussian通过UFF力场做优化。或者gview保存出mol2文件,用ope ...

感谢sob老师我已经解决了我的问题,原先因为周期性导致了一点乌龙,初始结构不太好的情况下使用sobtop依然可以生成正确的itp太牛了

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