求助生成TFSI离子的gaff参数或者oplsaa参数

soyolalla

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-16 15:07
Tf2N-结构里两边的三氟甲磺酰基确实会有排斥，用量子化学方法优化出来的能量最低构象并不是镜面对称的， ...

好的感谢老师的回复，我用到了文献中所用的参数，因为有的原子类型相同，但lj不相同，为避免被重复定义，我就在top文件中更改了原子类型，（如o改为o1,c3改为c31)然后导出来了itp文件，参数都依照老师您发的文献，手动更改，想问一下老师我大概思路正确吗

soyolalla

sobereva 发表于 2025-12-16 00:46
不同形式的二面角项可以混用，不用转换

sob老师，我目前想引入楼上老师的文献参数，但由于参考文献的二面角如图所示

，
并不像functype=9的形式那样（含有phase (Deg.)  kd (kJ/mol)  pn），因此我想只用functype=3的形式，比较我用sobtop导出的二面角参数和文献所用的，根据构成二面角的四个序号，手动修改填补，最后得出图2，
想请教一下sob老师我的方法可行吗?

sobereva

soyolalla 发表于 2025-12-16 17:32
sob老师，我目前想引入楼上老师的文献参数，但由于参考文献的二面角如图一所示，并不像functype=9那样（ ...

我不知道哪个是图1、图2
上传图片后必须选择插入，避免顺序错乱。仔细看置顶的社员必读贴

yongyouhe

TFSILi的力场参数应该已经有挺多相关的文献了，而且可极化力场也已经有开发了（https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpclett.4c00791）。对于聚合物如果不需要太精确的力场直接再拟合二聚体的二面角参数就可以了。

soyolalla

sobereva 发表于 2025-12-17 02:44
我不知道哪个是图1、图2
上传图片后必须选择插入，避免顺序错乱。仔细看置顶的社员必读贴

好的不好意思sob老师，我已手动进行修改编辑，麻烦老师帮我看一眼，谢谢老师！

sobereva

soyolalla 发表于 2025-12-16 17:32
sob老师，我目前想引入楼上老师的文献参数，但由于参考文献的二面角如图所示

，

完全不行。函数形式根本不一样
functype=3是RB形式，=9是普通周期性形式。参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片：

Uus/pMeC6H4-/キ

sobereva 发表于 2025-12-18 04:35
完全不行。函数形式根本不一样
functype=3是RB形式，=9是普通周期性形式。参考北京科音分子动力学与GROM ...

社长，我看J. Phys. Chem. C 2020, 124, 22, 11790–11799提供了另外一套AMBER/GAFF2的力场参数，势函数二面角部分与functype=9的普通周期性形式一致（除了幻灯片里的1/2的系数在文献的公式与GROMACS文档的公式里都没有之外），但是同一个二面角有3~5个周期性与势垒均不同的项来描述。如果要将该参数写到GROMACS的拓扑文件里，看GROMACS文档里注释说"Multiple, consecutive parameter entries will generate multiple dihedral potentials"，这个意思是把定义同一组原子内functype=9形式的二面角项的行复制几次再分别改即可在描述扭转时起叠加效果吗？

1. [ dihedrals ] ; propers
   
2. ; atom_i  atom_j  atom_k  atom_l  functype  phase (Deg.)  kd (kJ/mol) pn     ; Case of functype=9
   
3.     1       2       3       4         9         0.000       0.16381    1     ; O1-S2-C3-F4, literature
   
4.     1       2       3       4         9         0.000       1.26033    2     ; O1-S2-C3-F4, literature
   
5.     1       2       3       4         9         0.000       0.05536    3     ; O1-S2-C3-F4, literature

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sobereva

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-24 17:08
社长，我看J. Phys. Chem. C 2020, 124, 22, 11790–11799提供了另外一套AMBER/GAFF2的力场参数，势函数 ...

是