分享一个VMD静电势着色脚本的改进方法

Diotima · 发表于 Post on 2025-12-23 11:58:14

本帖最后由 Diotima 于 2026-3-11 14:45 编辑

2026-3-11更新：
把全套脚本放到github上面了，需要的朋友们可以在github自取：github链接
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2026-1-30更新
我做了一个Photoshop的脚本，如果大家需要大规模处理已经分开导出的骨架和静电势，可以试试这个脚本。原理是把分子骨架图片里面所有白色的地方选中并删除，然后将骨架图片叠到剩下的静电势图片上面。输入输出文件夹可以自己选择。分子骨架文件名字我用了bone1，bone2. 静电势点图是vtx1，vtx2这样的。其他的配套脚本过段时间我论文发了后再添加~

stack_esp_latest.jsx (10.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)
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前段时间接了一个算静电势的工作，计算很顺利，但是按照社长教的画图的时候，VMD2总是有那种points方法遮不住的白边，很难看。
鉴于不急着交，我尝试了一些其他的着色的方法，意外发现有一个还不错。

利用Dotted方法，Sphere size为0.2的时候，静电势着色完长这个样子（没加caption和colour bar）：

因为我有好几个ESP要画，于是我把脚本也改了一下，给大家用。使用方法和社长的脚本一样的，将ESPpt.vmd放到VMD目录，source完vmd.rc后，将mol1.pdb和vtx1.pdb也放入vmd目录下，打开命令行，直接敲pt就好。

ESPpt.vmd (781 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 9)

suihg · 发表于 Post on 2025-12-23 15:12:56

谢谢分享！！学习了！！

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