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[Gaussian/gview] ONIOM计算酶催化反应(DFT:Amber)原理求助

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请问下大家,在使用高斯计算ONIOM的时候计算酶催化反应(DFT:Amber),想问下QM区域的点电荷是是会随着QM区域的变化而更新吗?就是高斯为自动更新QM区域的点电荷吗?根据ONIOM的原理E=EQM/S+EMM/R-EMM/S (R和S分别表示活性位即QM区和系统所有的原子) 如果QM区域电荷一直不变的话,QM/MM之间的相互作用一直是固定点电荷处理的。那这样的话ONIOM模型应该对很多反应都描述不对吧?QM/MM静电相互作用在酶催化里太重要了,希望能收到大家热心的解答,谢谢大家!

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发表于 Post on 2025-12-26 03:23:11 | 只看该作者 Only view this author
默认会算QM区的拟合静电势电荷,看手册里MKUFF选项
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-26 10:17:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-26 03:23
默认会算QM区的拟合静电势电荷,看手册里MKUFF选项

谢谢 Sob老师的解答 我翻看了手册它的原话是:MKUFF uses the Merz-Kollman-Singh approximate charges during geometry optimization microiterations with electronic embedding but using UFF radii, which are defined for the full periodic table。有几个疑问:1. 意思是我只有开了(DFT:Amber)=EmbedCharge 和Opt关键词 才会触发QM区域的电荷的拟合吗? 2. 这里说的electronic embedding是指EmbedCharge关键词吗?2. 那如果我只计算单点的话就不会拟合静电势了吗?请老师解答 谢谢!

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发表于 Post on 2025-12-27 03:16:03 | 只看该作者 Only view this author
hfc 发表于 2025-12-26 10:17
谢谢 Sob老师的解答 我翻看了手册它的原话是:MKUFF uses the Merz-Kollman-Singh approximate charges d ...

是。自动算QM区的原子电荷是几何优化时的微迭代过程中表现QM对MM原子的静电作用用到的,单点时根本用不着。



北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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