利用cmake编译和安装CP2K

UW_0728.

HNUST 发表于 2026-2-21 18:12
elpa,HDF5总是出错，哎真是服了，关闭以后，cmake的时候又跳出来报错。我甚至把系统带的cmake都删了，全都 ...

先看：
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

1. ELPA和HDF5在安装时报错的原因是什么？最好仔细查看并附上相应的日志文件。
2. 你的cmake指令是什么？

HNUST

UW_0728. 发表于 2026-2-21 18:21
先看：
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/62 ...

已经搞定了，我把自己的cmake、openmpi、fftw、mkl之类的bashrc全注释掉才行。虽然我的版本跟cp2k要求的基本一样，但是就是不行。报错基本与cmake、gfortran有关，高了半天没搞定，哎，注释完以后，一点问题都没有，一遍过

Uus/pMeC6H4-/キ

我想问个小问题。上周PR #4865在更新toolchain里的libint到2.13.1版的同时也新增了系统包管理器安装boost和eigen3依赖的要求，这点也在您的博文里提到了。若在Rocky Linux 10.1用dnf，那应该从哪个repo或者channel找eigen3-devel呢？我现在无法直接找到eigen3-devel，搜eigen的唯一结果也似乎不对：

1. $ dnf repolist
   
2. repo id                                             repo name
   
3. appstream                                           Rocky Linux 10 - AppStream
   
4. baseos                                              Rocky Linux 10 - BaseOS
   
5. epel                                                Extra Packages for Enterprise Linux 10 - x86_64
   
6. extras                                              Rocky Linux 10 - Extras
   
7. $ dnf search eigen3-devel
   
8. Last metadata expiration check: 18:47:56 ago on Tue 10 Mar 2026 05:30:42 PM CST.
   
9. No matches found.
   
10. $ dnf search eigen
    
11. ========================================================== Summary Matched: eigen ===========================================================
    
12. arpack.x86_64 : Fortran 77 subroutines for solving large scale eigenvalue problems
    
13. $

复制代码

abin

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-3-11 12:31
我想问个小问题。上周PR #4865在更新toolchain里的libint到2.13.1版的同时也新增了系统包管理器安装boost和 ...

Enable repo, crb.

UW_0728.

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-3-11 12:31
我想问个小问题。上周PR #4865在更新toolchain里的libint到2.13.1版的同时也新增了系统包管理器安装boost和 ...

dnf config-manager --set-enabled crb

这个建议随同EPEL一起默认开启，用处不小（而且我记得安装epel-release后默认就会附带启用crb的建议和指令）

Uus/pMeC6H4-/キ

现行的 CMake 系统如何同时构建动态库链接的 libcp2k.so 和静态库链接的 libcp2k.a 呢？我的猜想是在跑完 toolchain 以后到 CP2K 主目录下分几步执行：

1. # shared library libcp2k.so
   
2. cmake -S . -B ./build-shared -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=./install-shared {...other cmake options...}
   
3. cmake --build build-shared --target install -j
   
4. # static library libcp2k.a
   
5. cmake -S . -B ./build-static -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=./install-static -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF {...other cmake options...}
   
6. cmake --build build-static --target install -j

复制代码

目前的 generate_cmake_options.sh 生成的 $CP2K_CMAKE_OPTIONS 包括了 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=./install 选项，但我不确定两次都用同一个 install 的目录会不会冲突，所以才有这个问题。最好能在自动生成的安装指南里讲清楚这点。

（顺便，安装/链接了 Ninja 后编译选项里是否启用 -GNinja 带来的 makefile 的区别也应该有解释。）

UW_0728.

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-3-27 00:48
现行的 CMake 系统如何同时构建动态库链接的 libcp2k.so 和静态库链接的 libcp2k.a 呢？我的猜想是在跑完 t ...

1. 是的，动态库和静态库不能同时构建。最好是分两个构建目录，不过即使在相同build目录也不会导致冲突，只是会把之前的BUILD_SHARED_LIBS选项设置覆盖掉而已；install目录应该分开，否则后面构建的会把前面构建的完全覆盖掉，达不成“同时构建动态库链接的 libcp2k.so 和静态库链接的 libcp2k.a”的目的（虽然我也不知道这个意义在哪里）。
2. cmake --build 指令是属于CMake自己的，对于任何generator生成的构建文件都适用，在构建阶段用了-G Ninja只是意味着不能直接在build目录下直接用make/gmake指令了，这两个生成器生成的东西除了组织架构上也没啥区别。

Uus/pMeC6H4-/キ

UW_0728. 发表于 2026-3-27 05:37
1. 是的，动态库和静态库不能同时构建。最好是分两个构建目录，不过即使在相同build目录也不会导致冲突， ...

1. 同时有用 CP2K 本身跑单独的 DFT 任务（所以需要 libcp2k.so ）和链接 GROMACS 跑 QM/MM 任务（所以需要 libcp2k.a）的需求是什么很奇怪的事情吗？当然如果 libcp2k.a 的版本也能像 libcp2k.so 的版本那样直接跑是更好的，可以省一次编译，但是我不知道是不是真能这样。我觉得您可以开 PR 把这个问题在 generate_cmake_options.sh 末尾生成的安装指南里说说。
2. 基于 Spack 的 make_cp2k.sh 的 CMake 指令默认都要用 -GNinja 这点，应当在 make_cp2k.sh 的帮助语句或者注释里说明缘故。目前在 toolchain 里面并没有哪个依赖库是只有 CMake 及 GNU Make 就不能编译、必须要使用 CMake 带 Ninja 的，哪怕官网号称要求 Ninja 的 tblite 也是，之前我测试 tblite 离线安装时没用 Ninja 也照样能编译通过、获得二进制可执行文件。

UW_0728.

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-3-27 10:16
1. 同时有用 CP2K 本身跑单独的 DFT 任务（所以需要 libcp2k.so ）和链接 GROMACS 跑 QM/MM 任务（所以需 ...

直接全用静态版（链接.a的）就可以吧，不应该有问题。当然，我会在说明中补充静态链接这一点（尽管我觉得直接在手册中相应部分补充说明会更好）。
Ninja我计划将来如果要砍toolchain的话会把它砍掉，因为它当时被加进去的唯一原因就是dftd4“需要”ninja，但现在看来实际上根本用不到。至于为什么在Spack里面专门要用-G Ninja，我也不清楚。

Uus/pMeC6H4-/キ

UW_0728. 发表于 2026-3-27 05:37
1. 是的，动态库和静态库不能同时构建。最好是分两个构建目录，不过即使在相同build目录也不会导致冲突， ...

cmake里面install目录具体是以-DCMAKE_INSTALL_PREFIX选项为准，还是以--target install设置的为准，特别是二者不同的情况下？
cmake --build build --target install（目前开发版本推荐的指令）和cmake --install install有什么区别？

UW_0728.

对于同一个构建流程，--target install安装到的地方就是CMAKE_INSTALL_PREFIX设置的地方，两者毫无区别，所以要换install目录要么重运行一遍cmake（但是接下来应该不会再经历后面长时间的编译流程，而是只影响安装部分，因为只有CMAKE_INSTALL_PREFIX这一个选项被覆盖了），要么临时设置新的环境变量,比如运行"CMAKE_INSTALL_PREFIX=./install cmake --install build"（纠正：这里不应该跟install，而是build，从构建目录安装）。

"cmake --build build --target install"相当于是"cmake --build build"和"cmake --install build"合二为一；后者只是把构建好的东西安装在指定目录下，无法执行build操作。这与"make install"的情况确实不同，"make install"在cmake下严格等价于"cmake --build . --target install"，同理"make clean"就是"cmake --build . --target clean"。

UW_0728.

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-3-31 10:44
cmake里面install目录具体是以-DCMAKE_INSTALL_PREFIX选项为准，还是以--target install设置的为准，特别 ...

对于同一个构建流程，--target install安装到的地方就是CMAKE_INSTALL_PREFIX设置的地方，两者毫无区别，所以要换install目录要么重运行一遍cmake（但是接下来应该不会再经历后面长时间的编译流程，而是只影响安装部分，因为只有CMAKE_INSTALL_PREFIX这一个选项被覆盖了），要么临时设置新的环境变量,比如运行"CMAKE_INSTALL_PREFIX=./install cmake --install build"（纠正：这里不应该跟install，而是build，从构建目录安装）。

"cmake --build build --target install"相当于是"cmake --build build"和"cmake --install build"合二为一；后者只是把构建好的东西安装在指定目录下，无法执行build操作。这与"make install"的情况确实不同，"make install"在cmake下严格等价于"cmake --build . --target install"，同理"make clean"就是"cmake --build . --target clean"。

Uus/pMeC6H4-/キ

UW_0728. 发表于 2026-3-31 11:07
对于同一个构建流程，--target install安装到的地方就是CMAKE_INSTALL_PREFIX设置的地方，两者毫无区别， ...

明白了，这样现行开发版建议的 cmake 指令确实是比较省事的。（发帖发重了哦）之前 @乐平 提的https://github.com/cp2k/cp2k/issues/4705应该已经解决、可以关闭了。

还有一个小问题，如果已经编译安装了一次CP2K的二进制可执行文件，然后修改了./src里的fortran源代码，有没有比“用整套源代码文件在不冲突的目录下从头跑完整的build和install流程”更短的编译安装方式来做测试？

UW_0728.

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-3-31 11:41
明白了，这样现行开发版建议的 cmake 指令确实是比较省事的。（发帖发重了哦）之前 @乐平 提的https://gi ...

直接进入build目录，加载好该有的环境，运行make install即可。构建系统会自动检查哪些代码发生了变化，然后只重新编译那些代码与可能受相关改动影响的另外几个代码。