利用cmake编译和安装CP2K

Uus/pMeC6H4-/キ

UW_0728. 发表于 2026-4-18 21:20
https://github.com/cp2k/cp2k/pull/5072 把这两个需要包管理器安装的硬依赖去掉了，eigen3不再需要，boo ...

https://github.com/cp2k/cp2k/pull/5427又加回来eigen3了。

现在我觉得官方安装文档非常有必要明确给出几点操作方法：(1)在拥有Intel OneAPI套件时只激活oneMKL而不启用Intel编译器或Intel MPI，用MKL作为数学库；(2)确认软硬件对OpenMPI的UCX功能的支持，并在安装时启用之；(3)确认软硬件对AVX-512指令集的支持，并在安装时启用之。

UW_0728.

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-6-25 09:53
https://github.com/cp2k/cp2k/pull/5427又加回来eigen3了。

现在我觉得官方安装文档非常有必要明确给 ...

1. 特别提及Intel编译器好像不是太好，之前做过但被开发者建议改成指向编译器支持页面，并且实际上除了GCC外其他大多数编译器都不能成功编译CP2K；
2. 系统安装的OpenMPI（dnf）是自带ucx的，自己编译OpenMPI也是会根据系统有没有ucx自动确定是否启用ucx功能的支持；我没看到加与不加对CP2K的运行有什么影响，而且ORCA目前还不兼容OpenMPI的ucx，这对一个电脑同时装这两个软件的情况不好说
3. 编译用的是“-march=native;-mtune=native”，自动选用本机CPU支持的最高指令集

装Eigen3的目的一个是给SIRIUS提供VCSQNM（SIRIUS的变胞优化）支持，另一方面也方便移除FindLibint2.cmake而直接用libint2自己的CMake配置文件（目前该配置文件无条件寻找Eigen3，否则报错），顺带也可以省去toolchain脚本的一个挪Boost bundle的自定义操作（否则安装失败，因为REQUIRE_CXX_API=OFF时不会移动这个预置包但会尝试安装它导致报错；不过这几个问题都提交给libint仓库了）

1415040402

问一下各位大佬，我在cmake后进行make install，出现了下段错误，求帮助：
[ 56%] Building Fortran object src/CMakeFiles/cp2k.dir/aobasis/ai_fermi_contact.F.o
[ 56%] Building Fortran object src/CMakeFiles/cp2k.dir/qs_fb_hash_table_types.F.o
[ 56%] Building Fortran object src/CMakeFiles/cp2k.dir/aobasis/ai_eri_debug.F.o
[ 56%] Building Fortran object src/CMakeFiles/cp2k.dir/mol_force.F.o
[ 56%] Building Fortran object src/CMakeFiles/cp2k.dir/optimize_basis_types.F.o
[ 56%] Building Fortran object src/CMakeFiles/cp2k.dir/mpiwrap/message_passing.F.o
[ 56%] Building Fortran object src/CMakeFiles/cp2k.dir/common/timings_types.F.o
[ 56%] Building Fortran object src/CMakeFiles/cp2k.dir/aobasis/ao_util.F.o
/home/ruan/cp2k-2026.1/build/src/mpiwrap/message_passing.F:67:8:

   67 |    USE mpi_f08
      |        1
Warning: USE statement at (1) has no ONLY qualifier [-Wuse-without-only]
f951: Fatal Error: Reading module ‘/home/ruan/intel/oneapi/mpi/2021.6.0/include/mpi_f08.mod’ at line 1 column 2: Unexpected EOF
compilation terminated.
make[2]: *** [src/CMakeFiles/cp2k.dir/build.make:16714: src/CMakeFiles/cp2k.dir/mpiwrap/message_passing.F.o] Error 1
make[2]: *** Waiting for unfinished jobs....
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:283: src/CMakeFiles/cp2k.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:136: all] Error 2

UW_0728.

1415040402 发表于 2026-6-25 11:29
问一下各位大佬，我在cmake后进行make install，出现了下段错误，求帮助：
[ 56%] Building Fortran objec ...

用的什么MPI，还有版本

1415040402

UW_0728. 发表于 2026-6-25 11:31
用的什么MPI，还有版本

(Open MPI) 5.0.9这是它来自的目录/home/ruan/cp2k-2026.1/tools/toolchain/install/openmpi-5.0.9/bin/mpirun

UW_0728.

1415040402 发表于 2026-6-25 11:34
(Open MPI) 5.0.9

那这个Reading module ‘/home/ruan/intel/oneapi/mpi/2021.6.0/include/mpi_f08.mod’是怎么回事？先检查你的系统环境是否干净

Uus/pMeC6H4-/キ

UW_0728. 发表于 2026-6-25 11:17
1. 特别提及Intel编译器好像不是太好，之前做过但被开发者建议改成指向编译器支持页面，并且实际上除了GC ...

1. 那就不提编译器/MPI的问题而强调启用MKL的方法，记得之前论坛里提到过source哪个oneAPI的脚本可以只动用MKL的。我没找到哪个文档有指向编译器支持页面的链接，包括Libraries里面提到MKL的地方也没有MKL的链接……

3. 在搭载AVX-512的CPU逐渐普及的大背景下，我认为整个工具链（特别是GNU编译器、OpenBLAS和ELPA数学库等核心依赖）以及CP2K本体对AVX512的兼容问题也应该像GPU加速的支持那样，正式摆上台面官方讨论，除了提供安装说明文档以外最好还设计regtest监测performance。论坛里面相关交流已经遍地都是，且不说那些专门拿支持avx512作为宣传重点的第三方打包源供应商发的东西，单是个人编译安装在这方面的讨论也有不少（像经典的 The compiler target flags... cannot exploit all extensions of this CPU model 和 Setting real_kernel for ELPA failed 等问题也高度相关），比如
http://bbs.keinsci.com/thread-34676-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-45935-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-46367-1-1.html

-march=native;-mtune=native不能适用于编译与运行在不同机子上的情形，尤其是登录节点和计算节点硬件配置不同的超算服务器。（PS: 有的作业排队管理系统除了batch模式从登录节点往计算节点批量提交作业，还可以有interactive模式直接登录计算节点通过CLI互动操作，理论上后者可以用-march=native;-mtune=native编译匹配的程序，但是我都不知道有多少用户翻过手册了解这点……）

Libraries页面的LIBINT一节还没提到新增eigen3依赖这点，或许可以更新一下了。

UW_0728.

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-6-25 12:31
1. 那就不提编译器/MPI的问题而强调启用MKL的方法，记得之前论坛里提到过source哪个oneAPI的脚本可以只动 ...

1. source /opt/intel/oneapi/mkl/latest/env/vars.sh
3. 感觉可以开一个RFC讨论下这个问题
依赖问题会随着修改libraries.md一并更新，但我不倾向于专门加它，毕竟不是CP2K的直接依赖

Uus/pMeC6H4-/キ

在cmake build最后输出Summary of enabled dependencies的时候，部分依赖库仍然会写一堆类似cmake generator expressions的字符串，这是正常的吗？比如COSMA就有些尚未解析的生的表达式：

1.   - COSMA
   
2.     - Include directories: /opt/cp2k-2026.2/tools/toolchain/install/COSMA-2.8.4/include
   
3.     - Libraries: MPI::MPI_CXX;costa::costa;$<TARGET_NAME_IF_EXISTS:roc::rccl>;$<TARGET_NAME_IF_EXISTS:cosma::nccl>;$<$<STREQUAL:OFF,OFF>:cosma::BLA
   
4. S::blas>;$<TARGET_NAME_IF_EXISTS:Tiled-MM::Tiled-MM>;$<$<STREQUAL:OFF,CUDA>:Tiled-MM::Tiled-MM>;$<$<STREQUAL:OFF,ROCM>:Tiled-MM::Tiled-MM>;$<$<BOOL
   
5. :OFF>:semiprof::semiprof>;$<$<BOOL:CUSTOM>:cosma::scalapack::scalapack>

复制代码

UW_0728.

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-8-19 21:35
在cmake build最后输出Summary of enabled dependencies的时候，部分依赖库仍然会写一堆类似cmake generato ...

这些应该是COSMA或COSTA自身的xxxConfig.cmake输出的，CP2K这边的CMake只是按照变量名收集到了相应信息。（其实按照CMake设计的简洁原则，理想情况下xxxConfig.cmake不应该显式手动设置这些变量，这也是为什么其他一些依赖库下面显示的“Include directories”和“Libraries”后面是空的）